一次多张热图

Question

我正在尝试使用 facet_wrap 和 geom_tile 函数获取多个热图，我有 1000 个样本。

我的目标是为每个 Parent_Gene 获取热图，其中包括“X”轴中的“条件”、“响应值”作为“填充”以及属于“Y”轴中相同 Parent_Gene 的基因。

ID	sl	（健康）状况	基因	响应值	Parent_Gene
1	S1	疾病1	基因KPN1	2.749526	基因KPN
2	S2	疾病2	基因KPN2	6.606618	基因KPN
3	S3	疾病1	基因BKJH1	4.697644	基因BKJH

到目前为止，这是我的脚本。 我的问题是，我只希望每个热图中都描述属于相应 parent_gene 的基因，而不是每次都显示所有基因。

my_data <- read.csv("my_data.csv")

my_data$Parent_Gene <- gsub("([A-Z)]+)\\d+.*","\\1", my_data $Gene)

library(tidyverse)

 gg<- ggplot(my_data, aes(x=Condition, y=Gene, fill= Response_Value))+
  geom_tile(color="white", size=0.1)+
 scale_fill_viridis(name="response levels")

 gg + coord_equal()

gg + facet_wrap(~Parent_Gene, ncol=2)

gg <- gg + labs(x=NULL, y=NULL, title="Comparative response levels")

Answer 1

您需要将scales = "free"添加到您的facet_wrap()中。 这将“释放”规模，在您的情况下，这将只在您的情节中留下包含的基因。 您还可以指定释放单个比例，例如使用free_x或free_y ，如果您想在 x 轴上有不同的基因，但保留 y 轴的比例，这可能很有用。

这些在帮助页面中也有详细说明，您可以使用?facet_wrap访问该页面。