為什么 xarray 在加載時將隨機數引入 NetCDF4 文件中的變量？

Question

問題：

我創建了一個 NetCDF4 文件，當使用 xarray 打開該文件時，會將高值引入感興趣的變量，並且 kernel 不斷崩潰。 加載到 MATLAB 時我沒有看到高值，這表明它可能是 NetCDF4 文件和 xarray 之間的不兼容問題？

這就是我所做的：

我首先創建一個包含我感興趣的變量的 NetCDF4 文件：

from netCDF4 import Dataset
import numpy as np
import xarray as xr
#~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
# Create data
data_2_save = np.squeeze(np.float32(np.zeros([6,29947])))
data_2_save[0,1000:27300] = np.nan; 
data_2_save[1,1010:27310] = np.nan; 
data_2_save[2,1050:27350] = np.nan; 
data_2_save[3,1000:27300] = np.nan; 
data_2_save[4,900:27300] = np.nan; 
data_2_save[5,100:27300] = np.nan; 
# time range
t = np.float32(range(-2921,27026,1))
# for other dimension
d = np.arange(1,7)
#~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
# create NetCDF4 file
filename = 'test.nc'
dataset = Dataset(filename, 'w',  format='NETCDF4_CLASSIC') 
fillvalue = 999999
#~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
# define dimensions
TIME_DIM = dataset.createDimension('TIME', None)
D_DIM = dataset.createDimension('D', np.size(d))
#~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
# create variables
TIME = dataset.createVariable('TIME', np.float32, ('TIME',)) 
D = dataset.createVariable('D', np.int32, ('D',))
VAR = dataset.createVariable('VARIABLE', np.float32, ('TIME','D'), 
                              fill_value=fillvalue)
#~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
# VAR
VAR.long_name = 'name'
VAR.valid_max = np.float32(np.nanmax(data_2_save))
VAR.valid_min = np.float32(np.nanmin(data_2_save))
VAR.coordinates = 'TIME D'
VAR.comment = ('A comment goes here')
# Time
time_unit_out= "days since 1950-01-01 00:00:00 UTC"
TIME.units = time_unit_out
TIME.long_name = 'analysis time'
TIME.standard_name = 'time'
TIME.valid_max = np.nanmax(t)
TIME.valid_min = np.nanmin(t)
TIME.axis = 'T'
TIME.calendar = 'gregorian'
#~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
# D
D.standard_name = 'D'
D.valid_max = np.int32(np.round(np.nanmax(d)))
D.valid_min = np.int32(np.round(np.nanmin(d)))
#~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
# Save data into NetCDF
TIME[:] = t
D[:] = np.ndarray.tolist(d)
VAR[:] =np.transpose(data_2_save)
dataset.close()# and the file is written

然后我稍后加載文件和 plot 如下：

import xarray as xr
data = xr.open_dataset('test.nc')
data.VARIABLE[:,1].plot()

然后要么 kernel 崩潰，要么產生 plot。 每次都會產生不同的 plot，隨機數與我期望的（0.，nan）一起繪制。 這些隨機數可以是 = ~20000，> e+38，有時 = 0。這些隨機數往往位於變量數組的末尾，應該是 NaN。 有時沒有引入隨機數。

我嘗試了以下方法：

• '康達更新--全部'
• 在 NetCDF4 文件中創建變量時嘗試使用“np.int32”、“np.float64”、“float”
• 創建 NetCDF4 文件時將格式從“NETCDF-CLASSIC”更改為“NETCDF4”

版本

• Python 3.9
• xarray 0.20.1
• matplotlib 3.5.1
• netcdf4 1.5.7
• numpy 1.21.5

由於使用 pip 和 conda 安裝軟件包時出現問題，我最近重新安裝了 Anaconda 和軟件包。

我已經嘗試使用 Spyder 和 Jupyter Notebook 進行此操作，並且在同時使用兩者時會發生這種情況。

Answer 1

我決定使用 xarray 而不是 netCDF4 package 來制作 NetCDF 文件。 問題不再發生。