为什么 xarray 在加载时将随机数引入 NetCDF4 文件中的变量？

Question

问题：

我创建了一个 NetCDF4 文件，当使用 xarray 打开该文件时，会将高值引入感兴趣的变量，并且 kernel 不断崩溃。 加载到 MATLAB 时我没有看到高值，这表明它可能是 NetCDF4 文件和 xarray 之间的不兼容问题？

这就是我所做的：

我首先创建一个包含我感兴趣的变量的 NetCDF4 文件：

from netCDF4 import Dataset
import numpy as np
import xarray as xr
#~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
# Create data
data_2_save = np.squeeze(np.float32(np.zeros([6,29947])))
data_2_save[0,1000:27300] = np.nan; 
data_2_save[1,1010:27310] = np.nan; 
data_2_save[2,1050:27350] = np.nan; 
data_2_save[3,1000:27300] = np.nan; 
data_2_save[4,900:27300] = np.nan; 
data_2_save[5,100:27300] = np.nan; 
# time range
t = np.float32(range(-2921,27026,1))
# for other dimension
d = np.arange(1,7)
#~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
# create NetCDF4 file
filename = 'test.nc'
dataset = Dataset(filename, 'w',  format='NETCDF4_CLASSIC') 
fillvalue = 999999
#~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
# define dimensions
TIME_DIM = dataset.createDimension('TIME', None)
D_DIM = dataset.createDimension('D', np.size(d))
#~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
# create variables
TIME = dataset.createVariable('TIME', np.float32, ('TIME',)) 
D = dataset.createVariable('D', np.int32, ('D',))
VAR = dataset.createVariable('VARIABLE', np.float32, ('TIME','D'), 
                              fill_value=fillvalue)
#~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
# VAR
VAR.long_name = 'name'
VAR.valid_max = np.float32(np.nanmax(data_2_save))
VAR.valid_min = np.float32(np.nanmin(data_2_save))
VAR.coordinates = 'TIME D'
VAR.comment = ('A comment goes here')
# Time
time_unit_out= "days since 1950-01-01 00:00:00 UTC"
TIME.units = time_unit_out
TIME.long_name = 'analysis time'
TIME.standard_name = 'time'
TIME.valid_max = np.nanmax(t)
TIME.valid_min = np.nanmin(t)
TIME.axis = 'T'
TIME.calendar = 'gregorian'
#~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
# D
D.standard_name = 'D'
D.valid_max = np.int32(np.round(np.nanmax(d)))
D.valid_min = np.int32(np.round(np.nanmin(d)))
#~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
# Save data into NetCDF
TIME[:] = t
D[:] = np.ndarray.tolist(d)
VAR[:] =np.transpose(data_2_save)
dataset.close()# and the file is written

然后我稍后加载文件和 plot 如下：

import xarray as xr
data = xr.open_dataset('test.nc')
data.VARIABLE[:,1].plot()

然后要么 kernel 崩溃，要么产生 plot。 每次都会产生不同的 plot，随机数与我期望的（0.，nan）一起绘制。 这些随机数可以是 = ~20000，> e+38，有时 = 0。这些随机数往往位于变量数组的末尾，应该是 NaN。 有时没有引入随机数。

我尝试了以下方法：

• '康达更新--全部'
• 在 NetCDF4 文件中创建变量时尝试使用“np.int32”、“np.float64”、“float”
• 创建 NetCDF4 文件时将格式从“NETCDF-CLASSIC”更改为“NETCDF4”

版本

• Python 3.9
• xarray 0.20.1
• matplotlib 3.5.1
• netcdf4 1.5.7
• numpy 1.21.5

由于使用 pip 和 conda 安装软件包时出现问题，我最近重新安装了 Anaconda 和软件包。

我已经尝试使用 Spyder 和 Jupyter Notebook 进行此操作，并且在同时使用两者时会发生这种情况。

Answer 1

我决定使用 xarray 而不是 netCDF4 package 来制作 NetCDF 文件。 问题不再发生。