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[英]How to add aggregation dimensions to netcdf4 file with the Python library Xarray?
[英]How to import netCDF4 file with xarray when index names have multiple dimensions?
当我尝试使用 xarray 导入 netCDF4 文件时,出现以下错误:
MissingDimensionsError: 'name' 有多个维度,并且与其维度之一('time'、'name')同名。 xarray 不允许使用此类变量,因为它们与用于标注尺寸的坐标相冲突。
但是,我可以使用 netCDF4 python 库成功导入这些数据,并从中获取我需要的数据。 问题是这种方法很慢,所以我正在寻找更快的方法并想尝试 xarray。 这是一个示例文件,以及给我提供相关错误的代码。
from netCDF4 import Dataset
#import matplotlib
import matplotlib.pyplot as plt
import pandas as pd
import numpy as np
#import seaborn as sns
from tkinter import Tk
from tkinter.filedialog import askdirectory
import os
import xarray as xr
#use this function to get a directory name where the files are
def get_dat():
root = Tk()
root.withdraw()
root.focus_force()
root.attributes("-topmost", True) #makes the dialog appear on top
filename = askdirectory() # Open single file
root.destroy()
root.quit()
return filename
directory=get_dat()
#loop through files in directory and read the netCDF4 files
for filename in os.listdir(directory): #loop through files in user's dir
if filename.endswith(".nc"): #all my files are .nc not .nc4
runstart=pd.datetime.now()
#I get the error right here
rootgrp3 = xr.open_dataset(directory+'/'+filename)
#more stuff happens here with the data, but this stuff works
该问题目前仍然有效。 当坐标具有多个维度并且与这些维度之一具有相同的名称时,就会出现问题。
例如, GOTM 模型发布的输出文件result.nc
在坐标z
和zi
有这个问题:
dimensions:
time = UNLIMITED ; // (4018 currently)
lon = 1 ;
lat = 1 ;
z = 218 ;
zi = 219 ;
variables:
...
float z(time, z, lat, lon) ;
float zi(time, zi, lat, lon) ;
此处已提议将“rename_var”kwarg 实施到 xr.open_dataset() 作为解决方法,但据我所知,它还没有实施。
我使用的快速解决方法是在需要的地方从 python 调用 nco-ncrename。
就我而言:
os.system('ncrename -v z,z_coord -v zi,zi_coord result.nc resultxr.nc')
这允许
r2 = xr.open_dataset(testdir+'resultxr.nc')
尽管
r = xr.open_dataset(testdir+'result.nc')
失败了。
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