NetCDF4 Python尺寸重新排序

Question

我正在使用python中的netCDF4创建NC文件。 该文件非常简单，并包含1和2维的变量（1st dim = N，2nd dim = M）。 但是问题在于，当我读取文件时，二维变量的尺寸会互换，即不是以尺寸（N，M）的数据形式出现，而是以尺寸（M，N）的形式出现，而所有1D数据按预期以（N，）形式显示。

该代码看起来像这样

root = nc.Dataset(filename, 'w', format='NETCDF4')
dimensions = ('N', 'M')

root.createDimension(dimensions[0], None)
root.createDimension(dimensions[1], None)

for field in fields:
        field_def = ...<defintion of field, how many dimensions etc...>
        if field_def[0] == 1: # how many dimensions in this variable
            chunk_size = (200, )
        else:
            chunk_size = (200, 1)

        dim = tuple(dimensions[:field_def[0]])
        var = root.createVariable(field, field_def[3], dimensions=dim,
                                fill_value=0,   chunksizes=chunk_size)

但是，当我读取文件时，二维变量的尺寸相反，即块尺寸为（1，chunk_size），尺寸为（M，N）而不是（N，M）。

任何人经历过这样的事情，或者可以看看我做错了什么吗？ 我已经在Matlab中实现了相同的功能，但是一切都正确地实现了。

谢谢

Answer 1

似乎这不是python netCDF的问题，而是MATLAB netCDF的“功能”。 来自netcdf.defVar MATLAB文档

该函数与netCDF库C API中的“ nc_def_var”函数相对应，但是由于MATLAB使用FORTRAN样式的排序，所以变化最快的维数排在最前面，而变化最快的维数排在最后。 因此，任何不受限制的尺寸都在尺寸ID列表的最后。 此顺序与C API中的顺序相反。

因此，使用MATLAB生成的文件与其他语言不兼容，除非您对尺寸排序有一定了解，并且在阅读本文时可以对变量进行重新排序。 但是，如果要在使用其他库/维度顺序的软件中使用文件，则必须意识到这一点。