僅使用類而不是 class 個實例構建本體

Question

我想知道為什么公共生物醫學本體通常以沒有 class 個實例而只有類的方式組織？ 我以所有實例都是類的方式理解它，但我不明白這種建模的優點或目的是什么？ 這些類也只有注解屬性。 例如 NCIT 本體： https://bioportal.bioontology.org/ontologies/NCIT/?p=summary 。 如果有人可以向我解釋這樣的 model 的目的是什么，以及類具有 class 個實例的 model 是否有優勢，我將不勝感激。 我絕對不是該領域的專家，我只是致力於使用類及其實例對“標准”本體進行建模。

Answer 1

TLDR

優先選擇類而不是個體（或實例）的原因是類允許用於推斷分類層次結構的復雜推理。

更長的答案

OWL 的語義允許您進行以下類型的語句：

1. ClassExpression1是ClassExpression2的subclass
2. PropertyExpression1是 PropertyExpression2 的subproperty PropertyExpression2
3. 個體c1是Class1的一個實例
4. 個體x通過property1與個體y相關

在這 4 個選項中，(1) far 允許最復雜的。 直覺上，它歸結為每一個都允許你表達多少以及從這些陳述中得出推論的推理能力。 為了直觀地感受這一點，使用OWL 直接語義，我們可以看到ClassExpression1和ClassExpression2可以替換為：

使用個人無法實現這種表現力。

個人與階級

在您的問題中，您說所有實例（個人）都是類。 這不完全正確。 相反，類由實例組成或實例屬於類。 從數學的角度來看，類是集合，個人是集合的成員。

生物醫學本體中的注釋

這些本體有大量 (80%-90%) 的注釋。 但是，它們確實有很多邏輯公理。 例如，當您查看右側的http://purl.obolibrary.org/obo/NCIT_C12392時，您可以看到它，如果向下滾動到底部，您將看到列出的公理：