運行多樣性分析時出現 QIIME2 錯誤

Question

我在我的 Linux 筆記本電腦 ( Ubuntu 22.04.1 LTS x86_64 ) 上運行qiime2-2022.8 。 通過康達安裝。

我完成了整個動畫教程，一切似乎都運行良好。 現在我嘗試了我自己的數據（在嘗試運行 Atacama 土壤教程數據時我也遇到了同樣的錯誤），我正在運行這些命令：

qiime diversity core-metrics-phylogenetic \
  --i-phylogeny rooted-tree.qza \
  --i-table table.qza  \
  --p-sampling-depth 700 \
  --m-metadata-file sample-metadata.tsv  \
  --output-dir core-metrics-results

並收到此錯誤消息：

Plugin error from diversity:

  Command '['ssu', '-i', '/tmp/qiime2/mike/data/67d50ad2-ce55-4192-9f83-c4254b86110c/data/feature-table.biom', '-t', '/tmp/qiime2/mike/data/7b8f5914-09aa-4e99-a53f-0e6310557047/data/tree.nwk', '-m', 'unweighted', '-o', '/tmp/q2-LSMatFormat-alcain3f']' returned non-zero exit status 1.

Debug info has been saved to /tmp/qiime2-q2cli-err-x3td01k5.log

誰能幫忙？

我希望獲得多樣性工件，然后我可以將其轉換為統計數據的可視化。

Answer 1

所以我在 QIIME2 中找到了這個答案——它與 Unifrac 庫的安裝方式有關。 我跑了這個：

\出口 UNIFRAC_USE_GPU = N

現在它起作用了！