運行多樣性分析時出現 QIIME2 錯誤

[英]QIIME2 error when running diversity analyses

我在我的 Linux 筆記本電腦 ( Ubuntu 22.04.1 LTS x86_64 ) 上運行qiime2-2022.8 。 通過康達安裝。 我完成了整個動畫教程，一切似乎都運行良好。 現在我嘗試了我自己的數據（在嘗試運行 Atacama 土壤教程數據時我也遇到了同樣的錯誤），我正在運行這些命 ...

由於 genomeinfodbdata package，從預構建的 yaml 文件到 conda 環境的 Qiime2 安裝不起作用，如何修復？

[英]Qiime2 installation from pre built yaml file into conda environment doesnt work because of genomeinfodbdata package, how to fix?

在 qiime2 官方網站上使用給定的 yaml 文件將最新的 qiime2 版本（2022.8）安裝到 conda 環境中時。 安裝報錯，跟genomeinfodbdata package有關。 我嘗試更新我的 conda 環境並使用其他 genomeinfodbdata 版本。 但它沒有用。 ...

使用 Docker 安裝 QIIME2

[英]Using Docker to install QIIME2

誰能幫我弄清楚為什么我的 C 磁盤需要大約 20G 才能通過 Docker 安裝 QIIME2？ 謝謝！ 安裝QIIME2之前，我的C盤有30GB，安裝后只剩下8GB。 ...

conda環境glibc==2.31=0安裝QIIME出現Unsatisfiable error

[英]Unsatisfiable error installing QIIME in conda environment glibc==2.31=0

我一直在嘗試使用以下命令在 Linux 上安裝 QIIME2 並收到此錯誤消息： 我什至嘗試使用另一種方式安裝它： 並得到另一個錯誤： 我對此很陌生，因此非常感謝任何有關如何解決此問題的幫助。 謝謝！ ...

如何通過清單文件將我的 .qz 文件從 illumina 測序導入 qiime2？

[英]How do I import my .qz files from illumina sequencing into qiime2 via a manifest file?

我的數據來自通過 illumina 的 16S 基因測序，它是雙端的、多路分解的，並且沒有條形碼。 我瀏覽了 qiime2 導入指南，看起來我必須制作一個清單文件，但我不知道該怎么做。 我的數據結構為一些 control_1_R1.fq、Control_1_R2.fq、control_2_R1.fq ...

如何從不同的文件中提取相同的數據

[英]How to extract the same data from different files

為了從 qiime2 工件中提取頻率表並將其寫入 tsv output，您必須： 現在，我有七個 qiime2 工件 我想自動化這個過程，所以我只需要運行一次命令。 我試過循環和 lapply 但沒有運氣，有人知道嗎？ ...

使用從 header 中提取的信息重命名 R 中的 header

[英]Rename header in R with extracted information from the header

如何根據當前 header 中的信息重命名 R 中的 header？ 我的 df 看起來像： header：（索引；d__Bacteria.p__Actinobacteriota.c__Actinobacteria；d__Bacteria.p__Bacteroidota.c__Bacteroid ...

錯誤：美學必須是長度 1 或與數據相同 (9)：大小

[英]Error: Aesthetics must be either length 1 or the same as the data (9): size

我試圖用qiime2R和ggplot2對我的PCOA進行plot，因為我發現2D UniFrac圖比3D中給出的Emperor圖信息量更大。 所以我遵循了qiime2R教程，但我無法添加不同的美學，我看過其他帖子，但我並不真正理解這個問題。 這是我的代碼。 qiime2 論壇的人幫不了我，所以也許 ...

是否可以在snakemake的規則中添加條件語句？

[英]Is it possible to add a conditional statement in snakemake's rule all?

我想使用奇點運行多個名為qc.smk 、 dada2.smk 、 picrust2.smk 。 再有就是所謂的一個snakefile longitudinal.smk我想有條件地運行。 例如，如果使用縱向數據。 上面的代碼僅在我運行縱向數據集時才有效。 但是，當我不運行縱向分析時，snakema ...

16s rRNA分析有標准流程嗎？

[英]Is there any standard process for 16s rRNA analysis?

我正在嘗試重現本文的樹狀圖結果，涉及特定的 16s rRNA 分析。 但我不知道是否有數據管理或數據分析的標准方法。 所以，我一直在自己嘗試。 下面，做個總結。 在方法部分中說：“生成的 FASTQ 文件存放在https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJN ...

在 MacOS Mojave 上安裝 qiime1 時出錯

[英]Error during qiime1 installation on MacOS Mojave

我正在嘗試在 Mac 上使用終端安裝 qiime1 環境。 目前收到一條錯誤消息，提示找不到 matplotlib 1.4.3 的軟件包。 ...

Utf8編碼的文件在解析過程中產生UnicodeDecodeError

[英]A Utf8 encoded file produces UnicodeDecodeError during parsing

我正在嘗試重新格式化文本文件，以便可以將其上載到管道（QIIME2）-我測試了.txt文件的前幾行（但使用制表符分隔），並且轉換成功。 但是，當我嘗試在整個文件上運行腳本時，遇到錯誤： 我已經確定文件編碼為Utf8，所以我不確定問題出在哪里。 我還檢查了與錯誤相關的某些行，而且 ...

Docker上的QIIME2：設備上沒有剩余空間（盡管有）

[英]QIIME2 on Docker : no space left on device (although there is)

我想在Docker容器上使用QIIME2分析數據。 請注意，這是我第一次使用Docker。 我先創建圖像，然后創建容器，然后開始成功地分析數據的一小部分子樣本。 但是，流水線的一個步驟系統地失敗，並顯示以下錯誤消息，提示剩余空間： 日志文件對我說的不多： 但是還有足夠的空間 ...

在 Colab 上安裝 Qiime2

[英]Installing Qiime2 on Colab

有人對如何在Colab上安裝Qiime2有任何建議嗎？ 我似乎無法讓它與 !pip install qiime2 一起使用。 ...

python bokeh圖例出圖大小

[英]python bokeh legend out of the plot size

我是 python 新手，有人幫我寫了這段代碼，但我想更改一些參數： 首先是圖例外的圖例大小，有時圖例很大（例如：D_0__Bacteria;D_1__Firmicutes;D_2__Clostridia;D_3__Clostridiales;D_4__Peptostreptococcaceae; ...

如何在subprocess.call中使用整數

[英]How to use integers in subprocess.call

我正在編寫一個運行qiime的程序。 我需要程序來識別用戶在命令行上鍵入的數字，但是我認為subprocess.call可能無法判斷數字是整數。 到目前為止，我有： 運行此程序將返回錯誤。 關於如何告訴subprocess.call的任何想法是整數，而不是字符串？ 謝謝！ ...

用戶在subprocess.call中輸入

[英]User input in subprocess.call

我正在編寫一個使qiime2命令自動化的程序。 我想合並用戶輸入。 到目前為止，我有： 因為只有兩個可能的用戶輸入，所以效果很好，但是當有無數可能的用戶輸入時，我寧願不要使用if語句。 這樣會更好： 但是qiime2給我這個錯誤。 還有另一種方法嗎？ 謝謝！ ...

從R中的barplot中刪除線

[英]Removing lines from barplot in R

我已經使用RStudio為宏基因組數據創建了一個條形圖 但是我在酒吧內出現線條，我需要沒有任何線條的清晰酒吧。 怎么做？ 庫（ “phyloseq”）; packageVersion（ “phyloseq”） 庫（ “biomformat”）; packageVers ...

如果那么bash語句不適用於qiime命令

[英]if then bash statement does not work with qiime commands

我剛開始猛烈抨擊，我被一個簡單的if; then語句困擾了一段時間。 我使用bash運行以python編寫的QIIME命令。 這些命令使我能夠處理微生物DNA。 從測序的原始數據集中，我首先必須先檢查它們是否與QIIME可以處理的格式匹配，然后才能繼續執行其余命令。 如果地圖是好的 ...

您如何通過采樣站點繪制稀疏圖？

[英]How do you plot rarefaction plots by sampling sites?

我的問題的簡化版本： 我有一個OTU表，其中包含三個站點（A，B和C）中的60個采樣點（每個OTU的豐度）。每個站點有20個樣本。 我想繪制每個站點的稀疏曲線：A，B和C。我想看看站點的曲線是否穩定，以檢查是否從每個站點采樣了足夠的序列。 目前，我正在這樣做： 目前，每 ...