使用從 header 中提取的信息重命名 R 中的 header

Question

如何根據當前 header 中的信息重命名 R 中的 header？

我的 df 看起來像：

header：（索引；d__Bacteria.p__Actinobacteriota.c__Actinobacteria；d__Bacteria.p__Bacteroidota.c__Bacteroidia）

第 1 行：（BF13A；0；14572）

第 2 行：（BF13B；0；24215）

ETC

我想用分類信息 (d__Bacteria.) 重命名列，使其只有 c__ 之后的信息

header：（索引；放線菌；擬桿菌）

第 1 行：（BF13A；0；14572）

第 2 行：（BF13B；0；24215）

等等。

順便說一句，我的分類信息列多於兩列，因此此類解決方案也適用於更大的 df。

Answer 1

您可以使用tidyverse重命名列。 像下面這樣的東西，

library(tidyverse)
df %>% 
  rename(
    Actinobacteria = d__Bacteria.p__Actinobacteriota.c__Actinobacteria,
    Bacteroidia = d__Bacteria.p__Bacteroidota.c__Bacteroidia
    )

這也可以使用基本函數來完成

names(df)[names(df) == "d__Bacteria.p__Actinobacteriota.c__Actinobacteria"] <- "Actinobacteria"
names(df)[names(df) == "d__Bacteria.p__Bacteroidota.c__Bacteroidia"] <- "Bacteroidia"

您可以像這樣修改舊名稱，而不是設置新的列名

new_df <- df  %>% 
  setNames(substring(names(.),regexpr(".c_", names(.)) + 4)) 
> colnames(new_df)
[1] "Actinobacteria" "Bacteroidia"