Function 為時間相關生存分析創建開始/停止時間變量

Question

我正在為 R 中的時間相關 Cox 回歸准備一個縱向數據集。我跟蹤患者從出院之日 ( HospDis ) 到審查制度或死亡 ( Death ) 長達 10 年的住院后。 我有后續年份 ( FUPeriod )、后續日期 ( FU ) 和一個時變變量 ( Score ) 的數據，如下表所示：

ID	FU期	醫院病房	福	死亡	分數
1個	0	2011-01-01	北美	北美	75
1個	1個	2011-01-01	2011-10-10	北美	34
1個	2個	2011-01-01	北美	2012-03-15	北美
2個	0	2011-02-18	北美	北美	115
2個	1個	2011-02-18	2012-01-07	北美	124
2個	2個	2011-02-18	2013-01-09	北美	122
2個	5個	2011-02-18	2016-07-07	北美	126
2個	10	2011-02-18	2021-04-30	北美	125

我想創建一個 function，它根據HospDis 、 FU和Death數據以及審查創建在 R 中使用 {survival} package 所需的開始/停止時間間隔變量（自出院后數月）基於Death的變量。 function 應產生以下內容：

ID	FU期	醫院病房	福	死亡	分數	開始	停止	事件
1個	0	2011-01-01	北美	北美	75	0	0	0
1個	1個	2011-01-01	2011-10-10	北美	34	0	9.263518	0
1個	2個	2011-01-01	北美	2012-03-15	北美	9.263518	14.42163	1個
2個	0	2011-02-18	北美	北美	115	0	0	0
2個	1個	2011-02-18	2012-01-07	北美	124	0	10.61191	0
2個	2個	2011-02-18	2013-01-09	北美	122	10.61191	22.70226	0
2個	5個	2011-02-18	2016-07-07	北美	126	22.70226	64.59001	0
2個	10	2011-02-18	2021-04-30	北美	125	64.59001	122.3477	0

Answer 1

library(tidyverse)
library(lubridate)

df %>%
  group_by(ID) %>%
  mutate(end = interval(HospDis, FU) %/% months(1),
         start = lag(end),
         event = if_else(is.na(Score), 1, 0)) %>%
  relocate(start, .after = Score)

# A tibble: 8 × 9
# Groups:   ID [2]
     ID FUPeriod HospDis    FU         Death      Score start   end event
  <dbl>    <dbl> <date>     <date>     <date>     <dbl> <dbl> <dbl> <dbl>
1     1        0 2011-01-01 NA         NA            75    NA    NA     0
2     1        1 2011-01-01 2011-10-10 NA            34    NA     9     0
3     1        2 2011-01-01 NA         2012-03-15    NA     9    NA     1
4     2        0 2011-02-18 NA         NA           115    NA    NA     0
5     2        1 2011-02-18 2012-01-07 NA           124    NA    10     0
6     2        2 2011-02-18 2013-01-09 NA           122    10    22     0
7     2        5 2011-02-18 2016-07-07 NA           126    22    64     0
8     2       10 2011-02-18 2021-04-30 NA           125    64   122     0