R 中的 Cox PH 時間相關協變量格式

Question

我正在嘗試使用 R 中的時間相關協變量執行 Cox 比例風險分析。 我已經閱讀了相關文檔（Therneau 等人）和幾個教程，但是考慮到協變量在數據中的結構，我正在努力正確地格式化我的數據。 它是分段的時間相關/時變協變量。

感興趣的結果是“死亡”，時間變量是“fu”，時間相關的協變量包含在“asp”AKA 阿司匹林列中。 例如，對於第一個病例，患者在基線、30 天和 1 年沒有服用阿司匹林，但在最后一次隨訪時服用，在這種情況下為 2275 天。 句點代表缺失的數據。

| ID    | aspb | asp30 | asp1y | aspfu | death | fu        |
|-------|------|-------|-------|-------|-------|-----------|
| 1479  | 0    | 0     | 0     | 1     | 0     | 2275      |
| 10523 | 1    | 1     | .     | .     | 1     | 41        |
| 25436 | 0    | 0     | 1     | 1     | 0     | 1773      |

我不知道如何實現表格的（開始，停止）格式，因為有1000多個案例。這也很復雜，因為案例之間的時間間隔不一定一致，即時間對應於“ aspfu" 可以介於 0 天、30 天、1 年、...

我確實在 SPSS 中使用時間相關協變量的以下符號完成了這個分析： (T_ < 1)*aspb + (T_ >=1 & T_ < 31)*asp30 + (T_ >= 31 & T_ < 366)* asp1y + (T_ >= 366)*aspfu。 但我正在努力將其翻譯成 R。

任何指導將不勝感激！ 非常感謝！

Answer 1

嘗試這個：

## start time
df <- df %>%
  group_by(ID) %>%
  mutate(start_time = 0:(n() - 1))
df <- ungroup(df)

## end time
df <- df %>%
  group_by(ID) %>%
  mutate(end_time = 1:(n()))
df <- ungroup(df)
```