將大數組轉換為向量並將其恢復為數組，以便每個單元格都回到原來的位置

Question

我正在對 4 個非常大的 arrays 進行 PCA 計算。這些 arrays 包括 NaN 單元格。 為了使 PCA 工作，我必須將 arrays 重塑為向量（一維而不是二維）並刪除所有 NaN 單元格，這會改變向量的長度。 PCA 返回 4 個新向量，我需要將它們重新整形為與原始 arrays 完全相同的維度，並且每個單元格都返回到其原始索引。

arrays 中的 NaN 單元格沒有任何特定順序，它們是隨機的。 我嘗試 arr.reshape(arr.shape[0]*arr.shape[1],1) 來創建具有 NaN 值的向量。

保存 NaN 值的索引然后刪除它們並對向量運行 PCA 並插入 NaN 值並再次將它們重塑為原始形狀 arrays

*arrays 的尺寸都相等（23292、9120）

由於 arrays 的大小，迭代保存 NaN 索引和將它們插入 PCA 之后的時間太長

如果有人對我如何恢復 arrays 有更好的想法，將不勝感激謝謝

Answer 1

我會為此使用蒙版圖像。 例如：

arr = … # your input image
mask = ~np.isnan(arr)
vec = arr[mask]  # 1D array with non-nan values
…
arr[mask] = vec  # writing values back