xTable，Sweave，R，交叉表中的計數和百分比

Question

編輯：基於aL3xa的答案，我在下面修改了他的語法。 不完美，但越來越近了。 我還沒有找到一種方法來為列或行創建xtable accept \\ multicolumn {}參數。 似乎Hmisc在幕后處理這些類型的任務，但看起來有點想要了解那里發生了什么。 有沒有人有Hmisc乳膠功能的經驗？

ctab <- function(tab, dec = 2, margin = NULL) {
    tab <- as.table(tab)
    ptab <- paste(round(prop.table(tab, margin = margin) * 100, dec), "%", sep = "")
    res <- matrix(NA, nrow = nrow(tab) , ncol = ncol(tab) * 2, byrow = TRUE)
    oddc <- 1:ncol(tab) %% 2 == 1
    evenc <- 1:ncol(tab) %% 2 == 0
    res[,oddc ] <- tab
    res[,evenc ] <- ptab
    res <- as.table(res)
    colnames(res) <- rep(colnames(tab), each = 2)
    rownames(res) <- rownames(tab)
    return(res)
}

我想創建一個格式化為LaTeX輸出的表，其中包含每個列或變量的計數和百分比。 我還沒有找到解決這個問題的現成解決方案，但我覺得我必須在某種程度上重新創建方向盤。

我已經為直表制定了一個解決方案，但我正在努力采用交叉制表的東西。

首先是一些樣本數據：

#Generate sample data
dow <- sample(1:7, 100, replace=TRUE)
purp <- sample(1:4, 100, replace=TRUE)
dow <- factor(dow, 1:7, c("Mon", "Tues", "Wed", "Thurs", "Fri", "Sat", "Sun"))
purp <- factor(purp, 1:4, c("Business", "Commute", "Vacation", "Other"))

現在工作的直接標簽功能：

customTable <- function(var, capt = NULL){
    counts <- table(var)
    percs <- 100 * prop.table(counts)       

    print(
        xtable(
            cbind(
                Count = counts
                , Percent = percs
            )
        , caption = capt
        , digits = c(0,0,2)
        )
    , caption.placement="top"
    )
}

#Usage
customTable(dow, capt="Day of Week")
customTable(purp, capt="Trip Pupose")

有沒有人有任何建議采用這個交叉表（即一周一天的旅行目的）？ 這是我目前編寫的，它不使用xtable庫和ALMOST工作，但不是動態的，並且使用起來非常難看：

#Create table and percentages
a <- table(dow, purp)
b <- round(prop.table(a, 1),2)

#Column bind all of the counts & percentages together, this SHOULD become dynamic in future
d <- cbind( cbind(Count = a[,1],Percent =  b[,1])
        , cbind(Count = a[,2], Percent = b[,2])
        , cbind(Count = a[,3], Percent = b[,3])
        , cbind(Count = a[,4], Percent = b[,4])
)

#Ugly function that needs help, or scrapped for something else
crossTab <- function(title){
    cat("\\begin{table}[ht]\n")
    cat("\\begin{center}\n")
    cat("\\caption{", title, "}\n", sep="") 

    cat("\\begin{tabular}{rllllllll}\n")
    cat("\\hline\n")

    cat("", cat("", paste("&\\multicolumn{2}{c}{",colnames(a), "}"), sep = ""), "\\\\\n", sep="")
    c("&", cat("", colnames(d), "\\\\\n", sep=" & "))
    cat("\\hline\n")
    c("&", write.table(d, sep = " & ", eol="\\\\\n", quote=FALSE, col.names=FALSE))

    cat("\\hline\n")
    cat("\\end{tabular}\n")
    cat("\\end{center}\n")
    cat("\\end{table}\n")   
}   

crossTab(title = "Day of week BY Trip Purpose")

Answer 1

在Tables-package中它是一行：

# data:
dow <- sample(1:7, 100, replace=TRUE)
purp <- sample(1:4, 100, replace=TRUE)
dow <- factor(dow, 1:7, c("Mon", "Tues", "Wed", "Thurs", "Fri", "Sat", "Sun"))
purp <- factor(purp, 1:4, c("Business", "Commute", "Vacation", "Other"))

dataframe <-  data.frame( dow, purp)

# The packages

library(tables)
library(Hmisc)

# The table
tabular(  (Weekday=dow) ~  (Purpose=purp)*(Percent("row")+ 1)    ,data=dataframe        )

# The latex table
latex(  tabular(  (Weekday=dow) ~  (Purpose=purp)*(Percent("col")+ 1)    ,data=dataframe        ))

使用booktabs，你得到這個（可以進一步定制）：

Answer 2

很好的問題，這個人困擾了我一段時間（這不是那么難，只是我像往常一樣懶得......） 然而......雖然問題很好，但我擔心，你的方法不是。 你可以（誤）使用名為xtable的無價包裝。 此外，這個問題太常見了 - 很有可能已經有一些現成的解決方案可以安裝在互聯網上 。

有一天我將要一勞永逸地解決這個問題（我將在GitHub上發布代碼）。 主要觀點有點像：你想要一個單元格內的頻率和/或百分比值（由\\分隔）或連續的絕對和相對頻率（或％）的行？ 我會選擇^第二個，所以我現在將發布一個“急救”解決方案：

ctab <- function(tab, dec = 2, ...) {
  tab <- as.table(tab)
  ptab <- paste(round(prop.table(tab) * 100, dec), "%", sep = "")
  res <- matrix(NA, nrow = nrow(tab) * 2, ncol = ncol(tab), byrow = TRUE)
  oddr <- 1:nrow(tab) %% 2 == 1
  evenr <- 1:nrow(tab) %% 2 == 0
  res[oddr, ] <- tab
  res[evenr, ] <- ptab
  res <- as.table(res)
  colnames(res) <- colnames(tab)
  rownames(res) <- rep(rownames(tab), each = 2)
  return(res)
}

現在嘗試以下方法：

data(HairEyeColor)           # load an appropriate dataset
tb <- HairEyeColor[, , 1]    # choose only male respondents
ctab(tb)
      Brown  Blue   Hazel Green
Black 32     11     10    3    
Black 11.47% 3.94%  3.58% 1.08%
Brown 53     50     25    15   
Brown 19%    17.92% 8.96% 5.38%
Red   10     10     7     7    
Red   3.58%  3.58%  2.51% 2.51%
Blond 3      30     5     8    
Blond 1.08%  10.75% 1.79% 2.87%

確保你加載了xtable包並使用print （它是一個通用函數，所以你必須傳遞一個xtable對象）。 禁止行名稱很重要。 我明天會優化這個 - 它應該是xtable兼容的。 現在是我所在時區的凌晨3點，所以有了這些話，我將結束我的回答：

print(xtable(ctab(tb)), include.rownames = FALSE)

干杯!

Answer 3

使用來自Hmisc包裝的latex multicolumn 柱並不算太糟糕。 這個最小的Sweave文檔：

\documentclass{article}
\begin{document}

<<echo = FALSE,results = tex>>=
library(Hmisc)
dow <- sample(1:7, 100, replace=TRUE)
purp <- sample(1:4, 100, replace=TRUE)
dow <- factor(dow, 1:7, c("Mon", "Tues", "Wed", "Thurs", "Fri", "Sat", "Sun"))
purp <- factor(purp, 1:4, c("Business", "Commute", "Vacation", "Other"))
tbl <- table(dow,purp)
tbl_prop <- round(100 * prop.table(tbl,1),2)

tbl_df <- as.data.frame.matrix(tbl)
tbl_prop_df <- as.data.frame.matrix(tbl_prop)
colnames(tbl_prop_df) <- paste(colnames(tbl_prop_df),"1",sep = "")
df <- cbind(tbl_df,tbl_prop_df)[,ggplot2:::interleave(1:4,5:8)]
colnames(df) <- rep(c('n','\\%'),times = 4)

latex(object=df,file="",cgroup = colnames(tbl_df),
      colheads = NULL,rowlabel = "",
      center = "centering",collabel.just = rep("r",8))
@

\end{document}

為我生產這個：

顯然，我已經硬編碼了很多東西，並且可能有更簡單的方法來生成最終傳遞給latex的數據框，但這至少應該開始使用multicolum 。

另外，稍微有些問題，我在組合計數和百分比來交替列時使用了ggplot2的interleave函數。 那只是因為我很懶。

Answer 4

我無法弄清楚如何使用xtable生成多列標題，但我確實意識到我可以將我的計數和百分比連接到同一列以進行打印。 不理想，但似乎完成了工作。 這是我寫的函數：

ctab3 <- function(row, col, margin = 1, dec = 2, percs = FALSE, total = FALSE, tex = FALSE, caption = NULL){
    tab <- as.table(table(row,col))
    ptab <- signif(prop.table(tab, margin = margin), dec)

    if (percs){

        z <- matrix(NA, nrow = nrow(tab), ncol = ncol(tab), byrow = TRUE) 
        for (i in 1:ncol(tab)) z[,i] <- paste(tab[,i], ptab[,i], sep = " ")
        rownames(z) <- rownames(tab)
        colnames(z) <- colnames(tab)

        if (margin == 1 & total){
            rowTot <- paste(apply(tab, 1, sum), apply(ptab, 1, sum), sep = " ")
            z <- cbind(z, Total = rowTot)
        } else if (margin == 2 & total) {
            colTot <- paste(apply(tab, 2, sum), apply(ptab, 2, sum), sep = " ")
            z <- rbind(z,Total = colTot)
        }
    } else {
        z <- table(row, col)    
    }
ifelse(tex, return(xtable(z, caption)), return(z))
}

可能不是最終產品，但確實允許參數的一些靈活性。 在最基本的級別，只是table()的包裝，但也可以生成LaTeX格式的輸出。 這是我最終在Sweave文檔中使用的內容：

<<echo = FALSE>>=
for (i in 1:ncol(df)){
    print(ctab3(
        col = df[,1]
        , row = df[,i]
        , margin = 2
        , total = TRUE
        , tex = TRUE
        , caption = paste("Dow by", colnames(df[i]), sep = " ")
    ))
}
@

Answer 5

這對你有什么用？

library(reshape)
library(plyr)
df <- data.frame(dow = dow, purp = purp)

df.count <- count(df)
df.count <- ddply(df.count, .(dow), transform, p = round(freq / sum(freq),2))

df.m <- melt(df.count)

df.print <- cast(df.m, dow ~ purp + variable)

library(xtable)
xtable(df.print)

它沒有給你很好的多列，我沒有足夠的經驗與xtable來確定是否可能。 但是，如果您要編寫自定義函數，則可以嘗試使用df.print列名運行的df.print 。 您甚至可以編寫足夠通用的一個來將各種重鑄數據幀作為輸入。

編輯：想到一個很好的解決方案，讓你更接近。 創建df.m

df.preprint <- ddply(df.m, .(dow, purp), function(x){
        x <- cast(x, dow ~ variable)
        x$value <- paste(x$freq, x$p, sep = " / ")
        return(c(value = x$value))
     }
)

df.print <- cast(df.preprint, dow ~ purp)

print(xtable(df.print), include.rownames = F)

現在，每個單元格都包含N / percent值

Answer 6

tab<-table(row, col)
ctab<-round(100*prop.table(tab,2), 2) # for column percents (see the args for prop.table)

for (i in 1:length(tab)) {
  ctab[i]<-paste(tab[i]," (", ctab[i], "%", ")", sep="")
}

require(xtable);
k<-xtable(ctab,digits=1) # make latex table

Answer 7

我意識到這個線程有點舊，但reporttools包中的tableNominal（）函數可能會提供您正在尋找的功能。