借助3個現有列在R中創建新列

Question

想要使用現有的3列（allele_2，allele_1和A1）創建一個新的“ non_coded”列

我要滿足的條件是：

if allele_2 == A1 then non_coded = allele_1 

if allele_2 != A1 then non_coded = allele_2

提前致謝，

拉德

確定這是數據的樣子：

SNPID          chrom STRAND IMPUTED allele_2 allele_1     MAF CALL_RATE HET_RATE
1  rs1000000    12      +       Y        A        G 0.12160   1.00000   0.2146
2 rs10000009     4      +       Y        G        A 0.07888   0.99762   0.1386

     HWP    RSQ  PHYS_POS A1 M1_FRQ M1_INFO M1_BETA  M1_SE    M1_P
1 1.0000 0.9817 125456933  A 0.1173  0.9452 -0.0113 0.0528 0.83090
2 0.1164 0.8354  71083542  A 0.9048  0.9017 -0.0097 0.0593 0.87000

我試過的代碼：

Hy_MVA$non_coded <- ifelse(Hy_MVA$allele_2 == Hy_MVA$A1, Hy_MVA$allele_1, Hy_MVA$allele_2)

結果：

 SNPID       chrom STRAND IMPUTED allele_2 allele_1     MAF CALL_RATE HET_RATE
1  rs1000000    12    +       Y        A        G 0.12160   1.00000   0.2146
2 rs10000009     4    +       Y        G        A 0.07888   0.99762   0.1386

     HWP    RSQ  PHYS_POS A1 M1_FRQ M1_INFO M1_BETA  M1_SE    M1_P non_coded
1 1.0000 0.9817 125456933  A 0.1173  0.9452 -0.0113 0.0528 0.83090         3
2 0.1164 0.8354  71083542  A 0.9048  0.9017 -0.0097 0.0593 0.87000         3

我想要的是：

SNPID        chrom STRAND IMPUTED allele_2 allele_1     MAF CALL_RATE HET_RATE
1  rs1000000    12    +       Y        A        G 0.12160   1.00000   0.2146
2 rs10000009     4    +       Y        G        A 0.07888   0.99762   0.1386

     HWP    RSQ  PHYS_POS A1 M1_FRQ M1_INFO M1_BETA  M1_SE    M1_P non_coded
1 1.0000 0.9817 125456933  A 0.1173  0.9452 -0.0113 0.0528 0.83090         G
2 0.1164 0.8354  71083542  A 0.9048  0.9017 -0.0097 0.0593 0.87000         G

Answer 1

如Chase所說，請使用ifelse() 。 我猜代碼變成：

non_coded <- ifelse(allele_2 == A1, allele_1, allele_2)

編輯

看到更新后的問題后，就有意義了，因為allele_1和allele_2是因素。 添加一個as.character()應該可以解決此問題：

A1 <- c("A","A","B")
allele_1 <- as.factor(c("A","C","C"))
allele_2 <- as.factor(c("A","B","B"))

non_coded <- ifelse(allele_2 == A1, as.character(allele_1), as.character(allele_2))
non_coded 
[1] "A" "B" "C"

Answer 2

由於您希望non_coded為兩個值之一：

Hy_MVA$non_coded <- Hy_MVA$allele_2
Hy_MVA$non_coded[Hy_MVA$allele_2 == Hy_MVA$A1] <- Hy_MVA$allele_1[Hy_MVA$allele_2 == Hy_MVA$A1]

這僅在allele_2 == A1的行中用allele_1值替換值。 聽起來好像ifelse將因子轉換為數字時可能有問題。