如何通過 python 調用/運行軟件？

Question

我正在嘗試制作一個簡單的腳本來逐個（一個接一個）運行不同的任務，但我不知道如何通過 python 腳本運行程序。 我知道它應該很簡單：但我在任何地方都找不到它。 我的例子是這樣的：

samtools merge filename.bam file1.sorted.bam file2.sorted.bam file3.sorted.bam file4.sorted.bam

samtools index filename.bam 
samtools idxstats filename.bam > filename.txt 
samtools pileup -vcf path/filename.fa filename_sorted.bam

我希望 python 運行第一個命令，完成后轉到下一個命令！ 重要的是要等到完成！

Answer 1

from subprocess import call # call runs an external program and waits for it to quit

for command in ("samtools merge filename.bam file1.sorted.bam file2.sorted.bam file3.sorted.bam file4.sorted.bam", 
                "samtools index filename.bam", 
                "samtools idxstats filename.bam > filename.txt", 
                "samtools pileup -vcf path/filename.fa filename_sorted.bam"):
    # shell=True is so you can handle redirects like in the 3rd command
    call(command, shell=True) 

Answer 2

使用子流程模塊。 頁面底部有很多示例。