[英]How can I call/run a software by python?
我正在尝试制作一个简单的脚本来逐个(一个接一个)运行不同的任务,但我不知道如何通过 python 脚本运行程序。 我知道它应该很简单:但我在任何地方都找不到它。 我的例子是这样的:
samtools merge filename.bam file1.sorted.bam file2.sorted.bam file3.sorted.bam file4.sorted.bam
samtools index filename.bam
samtools idxstats filename.bam > filename.txt
samtools pileup -vcf path/filename.fa filename_sorted.bam
我希望 python 运行第一个命令,完成后转到下一个命令! 重要的是要等到完成!
from subprocess import call # call runs an external program and waits for it to quit
for command in ("samtools merge filename.bam file1.sorted.bam file2.sorted.bam file3.sorted.bam file4.sorted.bam",
"samtools index filename.bam",
"samtools idxstats filename.bam > filename.txt",
"samtools pileup -vcf path/filename.fa filename_sorted.bam"):
# shell=True is so you can handle redirects like in the 3rd command
call(command, shell=True)
使用子流程模块。 页面底部有很多示例。
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