在包檢查R 2.14.0期間使用inst / extdata和vignette

Question

我有一個包含一個csv文件的包，我把它放在每個R-exts的inst / extdata中。 小插圖需要此文件。 如果我直接拍出小插圖，一切都很好。 但是，當我運行R --vanilla CMD檢查時，檢查過程找不到該文件。 我知道在檢查期間它已被移動到.Rcheck目錄中，這可能是問題的一部分。 但我不知道如何設置它所以直接Sweave和vignette建立/檢查工作。

小插圖包含如下行：

EC1 <- dot2HPD(file = "../inst/extdata/E_coli/ecoli.dot",
node.inst = "../inst/extdata/E_coli/NodeInst.csv",

並且函數dot2HPD通過以下方式訪問文件：

    ni <- read.csv(node.inst)

這是錯誤消息：

    > tab <- read.csv("../inst/extdata/E_coli/NodeInst.csv")
Warning in file(file, "rt") :
  cannot open file '../inst/extdata/E_coli/NodeInst.csv': No such file or directory

  When sourcing ‘HiveR.R’:
Error: cannot open the connection
Execution halted

順便說一下，這與這個問題有關，但這些信息似乎已經過時，並沒有完全覆蓋這個領域。

我在Mac上。

Answer 1

您是否嘗試過使用system.file而不是硬編碼的相對路徑？

EC1 <- dot2HPD(file = system.file("inst", "extdata", "E_coli", "ecoli.dot", package = "your_package+name"))
node.inst <- system.file("inst", "extdata", "E_coli", "NodeInst.csv", package = "your_package_name")