在包检查R 2.14.0期间使用inst / extdata和vignette

Question

我有一个包含一个csv文件的包，我把它放在每个R-exts的inst / extdata中。 小插图需要此文件。 如果我直接拍出小插图，一切都很好。 但是，当我运行R --vanilla CMD检查时，检查过程找不到该文件。 我知道在检查期间它已被移动到.Rcheck目录中，这可能是问题的一部分。 但我不知道如何设置它所以直接Sweave和vignette建立/检查工作。

小插图包含如下行：

EC1 <- dot2HPD(file = "../inst/extdata/E_coli/ecoli.dot",
node.inst = "../inst/extdata/E_coli/NodeInst.csv",

并且函数dot2HPD通过以下方式访问文件：

    ni <- read.csv(node.inst)

这是错误消息：

    > tab <- read.csv("../inst/extdata/E_coli/NodeInst.csv")
Warning in file(file, "rt") :
  cannot open file '../inst/extdata/E_coli/NodeInst.csv': No such file or directory

  When sourcing ‘HiveR.R’:
Error: cannot open the connection
Execution halted

顺便说一下，这与这个问题有关，但这些信息似乎已经过时，并没有完全覆盖这个领域。

我在Mac上。

Answer 1

您是否尝试过使用system.file而不是硬编码的相对路径？

EC1 <- dot2HPD(file = system.file("inst", "extdata", "E_coli", "ecoli.dot", package = "your_package+name"))
node.inst <- system.file("inst", "extdata", "E_coli", "NodeInst.csv", package = "your_package_name")