R Packaging中的inst和extdata文件夹

Question

在文档中，R建议将原始数据文件（不是Rdata或Rda）放置在inst/extdata/

从以下第一段开始： http : //cran.r-project.org/doc/manuals/R-exts.html#Data-in-packages

data子目录用于数据文件，可以通过延迟加载或使用data（）进行加载。 （选择是通过DESCRIPTION文件中的“ LazyData”字段进行的：默认为不这样做。）不应将其用于程序包所需的其他数据文件，并且约定已发展为使用目录inst /此类文件的extdata。

因此，我已将所有原始数据移到该文件夹​​中，但是当我生成并重新加载程序包，然后尝试使用（例如）使用函数访问数据时：

read.csv(file=paste(path.package("my_package"),"/inst/extdata/my_raw_data.csv",sep="")) 
# .path.package is now path.package in R 3.0+

我收到“无法打开文件”错误。

但是，它看起来确实像是在package目录中有一个名为/extdata的文件夹，其中包含文件（生成后和安装）。 /inst文件夹发生了什么事？

/ inst文件夹中的所有内容是否都放入包的/中？

Answer 1

比使用file.path更有用的是使用system.file 。 安装软件包后，您可以像这样抓取文件：

fpath <- system.file("extdata", "my_raw_data.csv", package="my_package")

现在， fpath将在HD上具有文件的绝对路径。

Answer 2

你们俩都非常亲密，基本上都拥有这个。 “ Writing R Extensions”的正式参考是：

1.1.3包子目录

[...]

inst子目录的内容将递归复制到安装目录。 inst子目录不应干扰R使用的子目录（当前， R ， data ， demo ， exec ， libs ， man ， help ， html和Meta ，而较早的版本则使用latex ， R-ex ）。 inst的复制是在src构建之后进行的，因此它的Makefile可以创建要安装的文件。 在R 2.12.2之前，这些文件已使用包源中的权限安装在POSIX平台上，因此应注意确保这些文件的限制不是太严格： R CMD build将进行适当的调整。 要排除安装文件，可以在顶级源目录的.Rinstignore文件中指定一列排除模式。 这些模式应该是类似于Perl的正则表达式（有关详细信息，请参见R中的regexp帮助），每行一个，以与文件和目录路径进行匹配（10），例如doc/.*[.]png$会根据（小写）扩展名排除inst/doc的所有PNG文件。