R ggplot：pdf輸出中的geom_tile線

Question

我正在構造一個使用geom_tile的圖，然后將其輸出到.pdf（使用pdf（“ filename”，...））。 但是，當我這樣做時，.pdf結果中會出現細線（如一個人所說的條紋）。 我已附上一張顯示問題的圖像。

谷歌搜索讓這個線程 ，但那里唯一的真正建議是嘗試將size = 0傳遞給geom_tile，但我沒有效果。 關於如何解決這些問題的任何建議？ 我想用它作為論文中的一個數字，但是那樣行不通。

最小代碼：

require(ggplot2)
require(scales)
require(reshape)

volcano3d <- melt(volcano) 
names(volcano3d) <- c("x", "y", "z") 
 v <- ggplot(volcano3d, aes(x, y, z = z)) 

pdf("mew.pdf")
print(v + geom_tile(aes(fill=z)) + stat_contour(size=2) + scale_fill_gradient("z"))

Answer 1

發生這種情況是因為geom_tile中的圖塊的默認colour似乎是白色。

要解決此問題，您需要使用與fill相同的方式將colour映射到z。

print(v + 
  geom_tile(aes(fill=z, colour=z), size=1) + 
  stat_contour(size=2) + 
  scale_fill_gradient("z")
)

Answer 2

嘗試使用geom_raster ：

pdf("mew.pdf")
print(v + geom_raster(aes(fill=z)) + stat_contour(size=2) + scale_fill_gradient("z"))
dev.off()

我的環境質量很好。

Answer 3

我無法在計算機（Windows 7）上重現該問題，但我記得這是某些配置列表中討論的問題。 Brian Ripley（如果我還記得的話）推薦了

CairoPDF("mew.pdf") # Package Cairo

繞過這個

Answer 4

為了給這只貓蒙皮，並增加過多細節，此代碼將R圖像分解為一個四邊形網格（如rgl所用），然后顯示了柵格圖與“平鋪”或“平鋪”之間的差異rect”劇情。

library(raster)
im <- raster::raster(volcano)
## this is the image in rgl corner-vertex form
msh <- quadmesh::quadmesh(im)

## manual labour for colour scaling
dif <- diff(range(values(im)))
mn <- min(values(im))
scl <- function(x) (x - mn)/dif

這是傳統的R“圖像”，它為每個像素繪制一個小圖塊或“ rect（）”。

list_image <- list(x = xFromCol(im), y = rev(yFromRow(im)), z = t(as.matrix(im)[nrow(im):1, ]))
image(list_image)

速度很慢，盡管它在后台調用了“ rect（）”的來源，但我們也無法設置邊框顏色。 使用'useRaster = TRUE'可以使用'rasterImage'獲得更有效的繪圖時間，控制插值以及最終文件大小。

現在，讓我們再次繪制圖像，但是通過為每個像素顯式調用rect。 （“ quadmesh”可能不是最簡單的演示方式，在我心中只是新鮮的）。

## worker function to plot rect from vertex index
rectfun <- function(x, vb, ...) rect(vb[1, x[1]], vb[2,x[1]], vb[1,x[3]], vb[2,x[3]], ...)

## draw just the borders on the original, traditional image
apply(msh$ib, 2, rectfun, msh$vb, border = "white")

現在使用“ rect”重試。

## redraw the entire image, with rect calls 
##(not efficient, but essentially the same as what image does with useRaster = FALSE)
cols <- heat.colors(12)
## just to clear the plot, and maintain the plot space
image(im, col = "black")  
for (i in seq(ncol(msh$ib))) {
  rectfun(msh$ib[,i], msh$vb, col = cols[scl(im[i]) * (length(cols)-1) + 1], border = "dodgerblue")
}