從R腳本運行bash腳本

Question

所以我有這個程序samtools我想從cmd行使用，將一個文件轉換為另一個文件。 它的工作原理如下：

bash-4.2$ samtools view filename.bam | awk '{OFS="\t"; print ">"$1"\n"$10}' - > filename.fasta

因為我想自動化這個，我想通過使用R腳本自動化它。 我知道你可以使用system（）來運行操作系統命令，但是我無法通過嘗試來實現它

system(samtools view filename.bam | awk '{OFS="\t"; print ">"$1"\n"$10}' - > filename.fasta)

是否只是使用正則表達式來擺脫空格和東西，所以逗號參數系統（命令）是可讀的？ 我該怎么做呢？

編輯：

system（“samtools view filename.bam | awk'{OFS =”\\ t“; print”>“$ 1”\\ n“$ 10}” - > first_batch_1.fasta“）錯誤：”system（“samtools view filename）中的意外輸入.bam | awk'{OFS =“\\”

EDIT2：

system（“samtools view filename.bam | awk'{OFS = \\”\\ t \\“; print \\”> \\“$ 1 \\”\\ n \\“$ 10}' - > filename.fasta”）

awk: cmd. line:1: {OFS="    "; print ">"$1"
awk: cmd. line:1:                         ^ unterminated string
awk: cmd. line:1: {OFS="    "; print ">"$1"
awk: cmd. line:1:                         ^ syntax error
> 

編輯3：獲勝者是：

system("samtools view filename.bam | awk '{OFS=\"\\t\"; print \">\"$1\"\\n\"$10}' -> filename.fasta")

Answer 1

調試方法是使用cat來測試你的字符串是否已被正確轉義。 所以：

1. 使用您的字符串創建對象x
2. 小心地逃避所有特殊字符，在這種情況下引號和反斜杠
3. 使用cat(x)檢查生成的字符串。

例如：

x <- 'samtools view filename.bam | awk \'{OFS="\\t"; print ">"$1"\\n"$10}\' - > filename.fasta'

cat(x)
samtools view filename.bam | awk '{OFS="\t"; print ">"$1"\n"$10}' - > filename.fasta

如果這給出了正確的字符串，那么你應該可以使用

system(x)