从R脚本运行bash脚本

Question

所以我有这个程序samtools我想从cmd行使用，将一个文件转换为另一个文件。 它的工作原理如下：

bash-4.2$ samtools view filename.bam | awk '{OFS="\t"; print ">"$1"\n"$10}' - > filename.fasta

因为我想自动化这个，我想通过使用R脚本自动化它。 我知道你可以使用system（）来运行操作系统命令，但是我无法通过尝试来实现它

system(samtools view filename.bam | awk '{OFS="\t"; print ">"$1"\n"$10}' - > filename.fasta)

是否只是使用正则表达式来摆脱空格和东西，所以逗号参数系统（命令）是可读的？ 我该怎么做呢？

编辑：

system（“samtools view filename.bam | awk'{OFS =”\\ t“; print”>“$ 1”\\ n“$ 10}” - > first_batch_1.fasta“）错误：”system（“samtools view filename）中的意外输入.bam | awk'{OFS =“\\”

EDIT2：

system（“samtools view filename.bam | awk'{OFS = \\”\\ t \\“; print \\”> \\“$ 1 \\”\\ n \\“$ 10}' - > filename.fasta”）

awk: cmd. line:1: {OFS="    "; print ">"$1"
awk: cmd. line:1:                         ^ unterminated string
awk: cmd. line:1: {OFS="    "; print ">"$1"
awk: cmd. line:1:                         ^ syntax error
> 

编辑3：获胜者是：

system("samtools view filename.bam | awk '{OFS=\"\\t\"; print \">\"$1\"\\n\"$10}' -> filename.fasta")

Answer 1

调试方法是使用cat来测试你的字符串是否已被正确转义。 所以：

1. 使用您的字符串创建对象x
2. 小心地逃避所有特殊字符，在这种情况下引号和反斜杠
3. 使用cat(x)检查生成的字符串。

例如：

x <- 'samtools view filename.bam | awk \'{OFS="\\t"; print ">"$1"\\n"$10}\' - > filename.fasta'

cat(x)
samtools view filename.bam | awk '{OFS="\t"; print ">"$1"\n"$10}' - > filename.fasta

如果这给出了正确的字符串，那么你应该可以使用

system(x)