如何从R运行bash脚本

Question

我在文件夹c：/ test中存在一个名为test.sh的bash脚本

问题来源：

在r中运行bash的主要原因是，实际上我使用r下载了.nc4文件，我想通过在r中使用gdalinfo来获得其bandinfo，这在bash中比在r中更容易工作。 这就是为什么我在bash中准备了另一个可以读取这些.nc4文件的脚本。

发布前搜索

我在r`system'中搜索一个函数，但是在设置了我的bash文件退出位置的文件夹的路径之后，我正在R中尝试此命令

x <- "bash test.sh" #my bash file which i want to run in r
system(x, intern = TRUE,ignore.stdout = FALSE, ignore.stderr = FALSE, wait = TRUE, input = NULL, show.output.on.console = TRUE,minimized = FALSE, invisible = TRUE)

但是得到这个错误

Error in system(x, intern = TRUE, ignore.stdout = FALSE, ignore.stderr = FALSE,  : 
  'bash' not found

致谢

非常感谢您解决此问题。 我第一次使用Rstudio。

Answer 1

我在文件夹c：/ test中存在一个名为test.sh的bash脚本

您使用的是Windows，bash脚本适用于Unix / Linux。 所以那是行不通的。

您必须安装bash shell才能运行bash脚本。 您可以尝试Cygwin作为入门者； 有关在Cygwin中运行bash脚本的示例问题，请参见此处 。 另外，如果您使用的是Windows 10，则可以安装Windows子系统的bash 。 在后一种情况下，可以通过/mnt/<drive letter>访问Windows文件系统。 因此脚本c:\\test\\test.sh将是/mnt/c/test/test.sh 。