抑制 rpy2 中的警告

Question

當我在 python 中導入 R 時，使用 rpy2，如何抑制警告？

看來，在 R 中，您只需執行以下操作

options(warn=-1)

...但我不熟悉 R。我如何在 python 中做到這一點？

Answer 1

rpy2 中的警告系統使用 Python 的warnings模塊。 因此，您可以使用該包的filterwarnings()函數關閉警告。 正如在這里對另一個答案的評論中已經指出的那樣，這可能很危險，因為不僅與 R 相關的警告受到影響。

但是， rpy2 帶有自己的警告類RRuntimeWarning 。 因此，您只能通過以下方式關閉此類警告

import warnings
from rpy2.rinterface import RRuntimeWarning
warnings.filterwarnings("ignore", category=RRuntimeWarning)

Answer 2

與3.0版開始，rpy2不使用Python的warnings模塊了。 它現在依賴於logging 。 新的解決方案是：

from rpy2.rinterface_lib.callbacks import logger as rpy2_logger
import logging
rpy2_logger.setLevel(logging.ERROR)   # will display errors, but not warnings

如果只想過濾特定警告，請使用：

rpy2_logger.addFilter(lambda record: 'notch went outside hinges' not in record.msg)

有關高級過濾的可用字段，請參閱LogRecord類規范。

Answer 3

你幾乎自己給出了答案。 您可以使用 RPy 從 Python 調用options(warn=-1)函數：

rpy.r['options'](warn=-1)

對於 RPy2，它應該是這樣的（還沒有嘗試過）：

rpy2.robjects.r['options'](warn=-1)

只需將它放在 Python 腳本的開頭（在模塊導入之后），所有警告都應該被抑制。