無法在R中使用read.table或read.csv讀取帶有“＃”和空格的文件

Question

我有一個文件，其中第一行是標題。 標頭可以包含空格和＃符號（也可以有其他特殊字符）。 我正在嘗試使用read.csv或read.table讀取此文件，但它不斷拋出錯誤：

undefined columns selected 

more columns than column names 

我的制表符分隔的chromFile文件看起來像：

Chromosome# Chr chr Size    UCSC NCBI36/hg18    NCBIBuild36 NCBIBuild37
1   Chr1    chr1    247199719   247249719   247249719   249250621
2   Chr2    chr2    242751149   242951149   242951149   243199373

命令：

chromosomes <- read.csv(chromFile, sep="\t",skip =0, header = TRUE,  )

我想首先尋找一種讀取文件的方式，而不用其他可讀符號替換空格或＃。

Answer 1

從文檔（ ?read.csv ）：

comment.char character：長度為一個的字符向量，包含一個字符或一個空字符串。 使用“”可以完全關閉注釋的解釋。

默認值為comment.char = "#" ，這comment.char = "#"您帶來麻煩。 根據文檔，您應該使用comment.char = "" 。

如mrdwab所指出，標頭中的空格是另一個問題，可以通過設置check.names = FALSE來解決。

chromosomes <- read.csv(chromFile, sep = "\t", skip = 0, header = TRUE,
                        comment.char = "", check.names = FALSE)