无法在R中使用read.table或read.csv读取带有“＃”和空格的文件

Question

我有一个文件，其中第一行是标题。 标头可以包含空格和＃符号（也可以有其他特殊字符）。 我正在尝试使用read.csv或read.table读取此文件，但它不断抛出错误：

undefined columns selected 

more columns than column names 

我的制表符分隔的chromFile文件看起来像：

Chromosome# Chr chr Size    UCSC NCBI36/hg18    NCBIBuild36 NCBIBuild37
1   Chr1    chr1    247199719   247249719   247249719   249250621
2   Chr2    chr2    242751149   242951149   242951149   243199373

命令：

chromosomes <- read.csv(chromFile, sep="\t",skip =0, header = TRUE,  )

我想首先寻找一种读取文件的方式，而不用其他可读符号替换空格或＃。

Answer 1

从文档（ ?read.csv ）：

comment.char character：长度为一个的字符向量，包含一个字符或一个空字符串。 使用“”可以完全关闭注释的解释。

默认值为comment.char = "#" ，这comment.char = "#"您带来麻烦。 根据文档，您应该使用comment.char = "" 。

如mrdwab所指出，标头中的空格是另一个问题，可以通过设置check.names = FALSE来解决。

chromosomes <- read.csv(chromFile, sep = "\t", skip = 0, header = TRUE,
                        comment.char = "", check.names = FALSE)