用於基因表達的Limma包裝

Question

我有以下格式的rma歸一化矩陣：

ID_REF GSM362180    GSM362181  GSM362188    GSM362189  GSM362192
244901 5.094871713 4.626623079 4.554272515 4.748604391 4.759221647
244902 5.194528083 4.985930299 4.817426064 5.151654407 4.838741605
244903 5.412329253 5.352970877 5.06250609  5.305709079 8.365082403
244904 5.529220594 5.28134657  5.467445095 5.62968933  5.458388909
244905 5.024052699 4.714631878 4.792865831 4.843975286 4.657188246
244906 5.786557533 5.242403911 5.060605782 5.458148567 5.890061836

其中不同的列對應於四種不同類型的啟動子，並且四個啟動子中的每一個都有生物學重復，因此總共有8列。

我嘗試使用Limma軟件包在多個啟動子（帶有重復序列）中找到差異表達的基因，由於Iam是r的新手，並且我無法完全理解它，所以我總是會遇到一個錯誤。

這是我使用的代碼：

Group <- factor(c("p1", "p1", "p2", "p2", "p3","p3","p3","p4","p4"), levels = c("GSM362180","GSM362181","GSM362188","GSM362189","GSM362192","GSM362193","GSM362194","GSM362197","GSM362198"))

design <- model.matrix(~0 + Group)

colnames(design) <- c("GSM362180","GSM362181","GSM362188","GSM362189","GSM362192","GSM362193","GSM362194","GSM362197","GSM362198")
fit <- lmFit(modified, design)

其中修改為以上述格式輸入的rma歸一化數據矩陣。 我收到以下錯誤：

Coefficients not estimable: GSM362180 GSM362181 GSM362188 GSM362189 GSM362192 GSM362193 GSM362194 GSM362197 GSM362198 

lmfit（design，t（M））中的錯誤：0（非NA）情況

Answer 1

應該只是：

Group <- factor(c("p1", "p1", "p2", "p2", "p3", "p3", "p3", "p4", "p4"))

組類別順序應與名稱中的樣本順序相對應colnames(modified)

在原始代碼中，您為Group每個因子分配了不同的唯一levels ，因此從根本上講，您沒有分組類別，沒有重復項，也無法估算系數。

創建您的設計矩陣：

design <- model.matrix(~0 + Group)

然后，您要分配樣本的名稱rownames設計矩陣，而不是colnames作為列代表分組。

rownames(design) <- c("GSM362180","GSM362181","GSM362188","GSM362189","GSM362192","GSM362193","GSM362194","GSM362197","GSM362198")
# or simply
rownames(design) <- colnames(modified)

您的設計矩陣應如下所示，其中一個樣本屬於特定的組類別，其1 。

design
          Groupp1 Groupp2 Groupp3 Groupp4
GSM362180       1       0       0       0
GSM362181       1       0       0       0
GSM362188       0       1       0       0
GSM362189       0       1       0       0
GSM362192       0       0       1       0
GSM362193       0       0       1       0
GSM362194       0       0       1       0
GSM362197       0       0       0       1
GSM362198       0       0       0       1
attr(,"assign")
[1] 1 1 1 1
attr(,"contrasts")
attr(,"contrasts")$Group
[1] "contr.treatment"