R中的成對交互矩陣

Question

我正在嘗試計算R中的成對矩陣，該矩陣計算個體與其他個體交互的次數（因此矩陣將包括與個體數量相對應的N個行和列）。 我有一個數據框，在不同的列中列出“演員”和“合作伙伴”。

nn <- data.frame(actors=c('DOL','DOL','DOL','DOL','DOL','NOR','NOR','NOR','NIN','JOJ'),partners=c('JOJ','JOJ','NOR','NOR','NIN','NIN','DOL','JOJ','NOR','NOR'))

數據是相互作用的方向是無關緊要的，因此每個單元格應該計算單個X作用於Y的次數加上Y作用於X的次數。理想情況下，上面的數據框應該給出一個如下所示的矩陣：

     DOL JOJ NOR NIN
DOL    0   2   3   1
JOJ    2   0   2   0
NOR    3   2   0   2
NIN    1   0   2   0

我開始編寫一個循環來遍歷我的數據集中的每個人，並計算他/她與actor-> partner和partner-> actor的交互。 我確信這會起作用，但由於完整的數據集非常大，所以並不理想。 有沒有更好的辦法？

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更新：感謝您的回復！ 兩種解決方案都很棒！ 我發布了Josh建議的實現，這非常有幫助。

x <- with(nn, table(actors, partners))
y <- t(x)

# unique individuals
u <- unique(c(rownames(x),colnames(x)))

m <- matrix(0,ncol=length(u),nrow=length(u),dimnames=list(u,u))

i1 <- as.matrix(expand.grid(rownames(x),colnames(x)))
i2 <- as.matrix(expand.grid(rownames(y),colnames(y)))

m[i1] <- x[i1]
m[i2] <- m[i2] + y[i2]

Answer 1

Base R的table()將為您提供所需的內容：

x <- with(nn, table(actors, partners))
x + t(x)
#       partners
# actors DOL JOJ NIN NOR
#    DOL   0   2   1   3
#    JOJ   2   0   0   2
#    NIN   1   0   0   2
#    NOR   3   2   2   0

Answer 2

在圖論領域，你正在尋找的是一個鄰接矩陣 ：

library(igraph)
g <- graph.edgelist(as.matrix(nn), directed = FALSE)
get.adjacency(g)
#     DOL JOJ NOR NIN
# DOL   0   2   3   1
# JOJ   2   0   2   0
# NOR   3   2   0   2
# NIN   1   0   2   0