[英]R - converting correlation matrix to pairwise
我想將相關矩陣轉換為成對表(刪除自匹配和重復)。
這是一個示例數據集。
rmat.test<-structure(c(1, 0.861194908618927, 0.826931774616241, 0.796892821788788,
0.83096307516098, 0.861194908618927, 1, 0.878752708435059, 0.855243384838104,
0.880544185638428, 0.826931774616241, 0.878752708435059, 1, 0.850607931613922,
0.850719928741455, 0.796892821788788, 0.855243384838104, 0.850607931613922,
1, 0.876053333282471, 0.83096307516098, 0.880544185638428, 0.850719928741455,
0.876053333282471, 1), .Dim = c(5L, 5L), .Dimnames = list(c("A",
"B", "C", "D", "E"), c("A", "B", "C", "D", "E")))
來自上一篇文章的答案。 我有以下代碼。
df.corr.pw<-reshape2::melt( cbind(
V1=rownames(rmat.test),
as.data.frame(rmat.test))
)
df.corr.pw<-subset(df.corr.pw,value!=1)
但是,我無法找到一種有效的方法來刪除重復的條目(即AB的第2行和BA的第6行)。
> df.corr.pw
V1 variable value
2 B A 0.8611949
3 C A 0.8269318
4 D A 0.7968928
5 E A 0.8309631
6 A B 0.8611949
8 C B 0.8787527
9 D B 0.8552434
10 E B 0.8805442
11 A C 0.8269318
12 B C 0.8787527
14 D C 0.8506079
15 E C 0.8507199
16 A D 0.7968928
17 B D 0.8552434
18 C D 0.8506079
20 E D 0.8760533
21 A E 0.8309631
22 B E 0.8805442
23 C E 0.8507199
24 D E 0.8760533
我只是使用upper.triangle嘗試了這個,但我無法弄清楚如何保留和使用rownames。
rmat.up<-rmat.test[upper.tri(rmat.test)]
# below yields NULL
rownames(rmat.test[upper.tri(rmat.test)])
謝謝,任何幫助表示贊賞。
你可以嘗試(不使用你的功能)
rmat.test[lower.tri(rmat.test,diag=TRUE)]=NA # put NA
rmat.test<-as.data.frame(as.table(rmat.test)) # as a dataframe
rmat.test<-na.omit(rmat.test) # remove NA
rmat.test<-rmat.test[with(rmat.test, order(-Freq)), ] # order by correlation
rmat.test
Var1 Var2 Freq
22 B E 0.8805442
12 B C 0.8787527
24 D E 0.8760533
6 A B 0.8611949
17 B D 0.8552434
23 C E 0.8507199
18 C D 0.8506079
21 A E 0.8309631
11 A C 0.8269318
16 A D 0.7968928
另一種方式:
tmp <- melt(rmat.test)
tmp <- data.frame(t(apply(tmp, 1, sort)))
tmp <- tmp[duplicated(tmp[, 1 : 2], MARGIN = 1), ]
tmp[, 3 : 1]
# X3 X2 X1
#6 B A 0.8611949
#11 C A 0.8269318
#12 C B 0.8787527
#16 D A 0.7968928
#17 D B 0.8552434
#18 D C 0.8506079
#21 E A 0.8309631
#22 E B 0.8805442
#23 E C 0.8507199
#24 E D 0.8760533
你先融化,然后將字母組合排序,挑選出重復對后來與duplicated
。
聲明:本站的技術帖子網頁,遵循CC BY-SA 4.0協議,如果您需要轉載,請注明本站網址或者原文地址。任何問題請咨詢:yoyou2525@163.com.