將成對距離轉換為R中的距離矩陣

Question

我有成對距離，我需要顯示/轉換為距離矩陣。 R應該有一個功能，但我不知道哪一個或如何使用相同的功能。 我的數據如下所示

A1  A1  0.90
A1  B1  0.85
A1  C1  0.45
A1  D1  0.96
B1  B1  0.90
B1  C1  0.85
B1  D1  0.56
C1  C1  0.55
C1  D1  0.45
D1  D1  0.90

我想轉換/顯示如下

      A1      B1      C1      D1
A1    0.90    0.85    0.45    0.96
B1            0.90    0.85    0.56
C1                    0.55    0.45
D1                            0.90

我該怎么辦？ 謝謝

Answer 1

你可以使用reshape ：

df <- read.table(textConnection("
A1  A1  0.90
A1  B1  0.85
A1  C1  0.45
A1  D1  0.96
B1  B1  0.90
B1  C1  0.85
B1  D1  0.56
C1  C1  0.55
C1  D1  0.45
D1  D1  0.90"))

dfr <- reshape(df, direction="wide", idvar="V2", timevar="V1")
dfr
#   V2 V3.A1 V3.B1 V3.C1 V3.D1
# 1 A1  0.90    NA    NA    NA
# 2 B1  0.85  0.90    NA    NA
# 3 C1  0.45  0.85  0.55    NA
# 4 D1  0.96  0.56  0.45   0.9

d <- as.dist(dfr[, -1])
d
#      1    2    3
# 2 0.85          
# 3 0.45 0.85     
# 4 0.96 0.56 0.45

# reset labels
attr(d, "Labels") <- dfr[, 1]
d
#      A1   B1   C1
# B1 0.85          
# C1 0.45 0.85     
# D1 0.96 0.56 0.45

---

@alexis_laz提到的解決方案似乎更優雅：

as.dist(xtabs(df[, 3] ~ df[, 2] + df[, 1]))
#      A1   B1   C1
# B1 0.85          
# C1 0.45 0.85     
# D1 0.96 0.56 0.45