在山獅上安裝Scipy

Question

我試圖使用Xcode及其命令行工具在山獅的干凈安裝上安裝python及其科學庫。

我安裝了自制軟件，並通過它安裝了一個新的python 2.7，因為我不想搞砸Apple提供的那個。 我也總是通過自制軟件安裝gfortran。

然后我從源代碼安裝Numpy，使用標志使用gfortran構建它。 我這樣做是因為如果我pip安裝它，那么scipy安裝將失敗。

安裝完成后，我通過bumpy.test（'full'）對它進行了測試，然后就可以了。

此時我嘗試使用pip或源代碼安裝scipy。 結果是相同的，它安裝但我得到了大量的失敗和一個錯誤，當我使用scipy.test（）測試它。 知道怎么解決這個問題嗎？

報告的錯誤是

ERROR: test_logm_consistency (test_matfuncs.TestExpM)
----------------------------------------------------------------------
Traceback (most recent call last):
  File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/scipy/linalg/tests/test_matfuncs.py", line 124, in test_logm_consistency
    assert_array_almost_equal(expm(logm(a)), a)
  File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/scipy/linalg/matfuncs.py", line 453, in logm
    errest = norm(expm(F)-A,1) / norm(A,1)
  File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/scipy/linalg/matfuncs.py", line 49, in expm
    A_L1 = norm(A,1)
  File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/scipy/linalg/misc.py", line 12, in norm
    a = np.asarray_chkfinite(a)
  File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/numpy/lib/function_base.py", line 590, in asarray_chkfinite
    "array must not contain infs or NaNs")
ValueError: array must not contain infs or NaNs

相反，失敗與boas，basic，dot，asum，nrm2，arpack有關。

知道怎么解決這個問題嗎？

Answer 1

我的建議是總是在virtualenv中設置python計算環境（特別是像scipy和numpy這樣的挑剔包）。 virtualenv是一個工具，允許您設置和切換進出孤立的python環境，以便在一個環境中安裝和更改東西不會弄亂其他環境。

編輯：使用virtualenv的另一個原因是，如果你搞砸了一切，你沒有弄亂你的全局系統配置，你可以刪除virtualenv並從頭開始修復它。 我還推薦virtualenvwrapper ，它基本上只是一些糖，使virtualenv更直觀，更快速地使用。

還要解決你的實際問題：我相信你仍然需要使用scipy的開發分支才能在OSX 10.8上成功編譯。 我完全按照這里的說明進行操作，一切正常。