如何在R中繪制度分布

Question

我想知道繪制度分布的腳本輸出是否正確。

因此，腳本是（將所有頂點的度數的矢量存儲在x中）：

x是

x
 [1] 7 9 8 5 6 2 8 9 7 5 2 4 6 9 2 6 10 8 

x是某個網絡頂點的度數-像頂點1的度數為7，頂點2的度數為9，依此類推x <-v2 summary（x）

library(igraph)
split.screen(c(1,2))
screen(1)
plot (tabulate(x), log = "xy", ylab = "Frequency (log scale)", xlab = "Degree (log scale)", main = "Log-log plot of degree distribution")
screen(2)
y <- (length(x) - rank(x, ties.method = "first"))/length(x)
plot(x, y, log = "xy", ylab = "Fraction with min. degree k (log scale)", xlab = "Degree (k) (log scale)", main = "Cumulative log-log plot of degree distribution")
close.screen(all = TRUE)
power.law.fit(x, xmin = 50)

我的問題是對數-對數圖似乎不正確-例如，我的整體分數為'7'8倍，因此對數-對數圖上的這一點不應變成0.845（log 7）/ 0.903（log（ 8）如（x / y）？

此外，有人可以告訴我如何將線（對數對數刻度上的冪律）擬合到屏幕2中的圖嗎？

Answer 1

我對igraph軟件包不熟悉，所以您不能幫助那個特定的軟件包。 但是，這是一些用於在對數-對數圖上繪制分布的代碼。 首先一些數據：

set.seed(1)
x = ceiling(rlnorm(1000, 4))

然后，我們需要重新排列以獲得逆CDF：

occur = as.vector(table(x))
occur = occur/sum(occur)
p = occur/sum(occur)
y = rev(cumsum(rev(p)))
x = as.numeric(names(table(x)))
plot(x, y, log="xy", type="l")

給

關於您的合適問題，我認為會出現差異是因為igraph使用MLE，而您正在執行簡單的線性回歸（不建議這樣做）。

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有點兒麻煩，我已經開始研究用於擬合和繪制冪律的軟件包 。 因此，使用此軟件包，您將獲得：

library(poweRlaw)

##Create a displ object
m = displ$new(x)
##Estimate the cut-off
estimate_xmin(m)
m$setXmin(105); m$setPars(2.644)

##Plot the data and the PL line
plot(m)
lines(m, col=2)