將目錄路徑作為R中的參數傳遞

Question

我在R中有一個簡單的函數，它通過lapply（）在我指定的一個目錄中的許多CSV上運行summary（）。 功能如下所示：

#   id -- the file name (i.e. 001.csv) so ID == 001. 
#   directory -- location of the CSV files (not my working directory)
#   summarize -- boolean val if summary of the CSV to be output to console. 
getMonitor <- function(id, dir, summarize = FALSE) 
{
    fl <- list.files(dir, pattern = "*.csv", full.names = FALSE)

    fdl <- lapply(fl, read.csv)

    dataSummary <- lapply(fdl, summary)

    if(summarize == TRUE)
    { dataSummary[[id]] }
}

當我嘗試指定目錄然后將其作為參數傳遞給函數時，如下所示：

dir <- "C:\\Users\\ST\\My Documents\\R\\specdata"
funcVar <-  getMonitor("001", dir, FALSE)

我收到錯誤：

文件錯誤（文件，“rt”）：無法打開連接。 另外：警告信息：在文件（文件，“rt”）中：無法打開文件'001.csv'：沒有這樣的文件或目錄

然而，當我自己運行下面的代碼時：

fl <- list.files("C:\\Users\\ST\\My Documents\\R\\specdata", 
                  pattern = "*.csv", 
                  full.names = FALSE)
fl[1]

它找到我指向的目錄，並且fl [1]正確輸出[1]“001.csv” ，這是列出的第一個文件。

我的問題是在嘗試將此路徑變量作為參數傳遞給我的函數時，我做錯了什么。 R無法以這種方式處理參數嗎？ 有什么東西我完全不見了嗎？ 我已經嘗試過搜索並熟悉其他編程語言，所以，坦率地說，我現在感覺有點愚蠢/失敗。

Answer 1

你將fl[1]直接傳遞read.csv帶有限定路徑的read.csv 。 相反，如果你使用full.names=TRUE你將得到完整的路徑，你的read.csv步驟將正常工作。 但是，你必須做一點努力再次使你的if語句功能。

您還可以擴展lapply函數以將目錄和文件名粘貼在一起：

fdl <- lapply(fl, function(x) read.csv(paste(dir, x, sep='\\')))

或者在單獨的行中創建此粘貼的完整路徑：

fl.qualified <- paste(dir, fl, sep='\\')
fdl <- lapply(fl.qualified, read.csv)

當您執行paste步驟時，如果您想要非常明確，我會鼓勵regex確保您沒有人傳遞帶有斜杠的目錄：

fl.qualified <- paste(gsub('\\\\$', '', dir), f1, sep='\')

或類似的規定。