可以將 Granges 轉換為 data.frame

[英]Can convert Granges to data.frame

我有以下數據： 我嘗試將其轉換為 data.frame，但我看到一些錯誤，我不知道為什么 ...

R：如何將基因范圍縮小到單個向量中？

[英]R: How do I reduce the ranges of genes into a single vector?

我通過基於行variant “J3”、“J10”、“J11”、“J13”對tx_df列進行子集化來創建var_nt dataframe。 然后，我使用makeGRangesFromDataFrame function 將var_nt dataframe 轉換為GRanges object ( va ...

快速查找線性區間重疊的方法

[英]Fast way to find overlaps in linear intervals

我有一個線性區間的data.frame （映射的RNA-seq讀取的基因組坐標），例如： 對於某些讀取，在同一讀取的其他讀取中包含或相交的間隔，我想合並它們。 在上面的read_id = "R10"示例中，區間： chr5 12255229 12255312包含在區間chr5 12255142 12 ...

R 中的基因組坐標

[英]genomic coordinate in R

我正在處理TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene數據。 我發現最大外顯子的長度是 205012。我怎樣才能找到那個外顯子的基因組坐標？ ...

找到最接近的從開始到結束的非重疊范圍

[英]Find closest non-overlapping ranges from start to end

我想找到從第一個開始到最后一個結束位置不重疊的最近范圍。 知道如何進行嗎？ 在下面的例子中，c(8, 33) 和 c(155, 161) 應該被過濾掉，因為它們與前面的范圍重疊。 ...

在 R 的 dataframe 范圍內查找重疊

[英]Finding overlap in dataframe ranges in R

我有兩個床文件作為 R 中的數據幀，我想為此 map 所有重疊區域彼此（類似於最接近的床工具能夠做的事情）。 床A： 床B： 卧床： 現在，我發現了這個非常相似的問題，建議使用 iRanges。 使用建議的方式似乎可行，但我不知道如何將 output 變成像“BedOut”這樣的數據框。 ...

在 data.frame 中包含 IRanges 列表作為列

[英]Include list of IRanges as column in a data.frame

我有一些數據結構有點像這樣： 我最終通過以下步驟將其用作 IRanges 對象： 現在我希望能夠將 x03 存儲為 data.frame 中的一列，其中包含一些簡單的相關信息，例如： 這毫不奇怪地告訴我，我有不同數量的行，但是，我覺得我已經看到 JSON 導入到 R 中模仿了我想要的那種 ...

在 GenomicRanges 中查找島嶼

[英]Find Islands in GenomicRanges

在 GenomicRanges 中，一個有趣的問題是基因島的識別。 我試圖找到相鄰范圍不超過特定距離的最大范圍子集。 為了解決這個問題，我嘗試根據各個范圍之間的差異分配組。 我在 IRanges 包中搜索了合適的方法，但到目前為止我沒有成功。 根據分配的組一可以找到最大的一組。 你知道什么更 ...

計數與 R data.table foverlaps() 或 IRanges 預期重疊

[英]Counting overlaps as expected with R data.table foverlaps() or IRanges

我很難像預期的那樣計算間隔的重疊。 這是一個 R data.table，其間隔由開始到結束定義： 以下是我將如何考慮這些間隔的重疊，從 0 到 20： 所以，我想通過算法輸出這個。 就像是： 但是，我無法找到如何使用 R data.table 中的foverlaps()或 IRanges ...

有效地合並跨同一范圍的多個irange（保留mcol）

[英]efficiently combine multiple iranges that span the same range (preserving mcols)

這是我昨天提出的一個問題的后續行動，現在已擴展為包括兩個以上的輸入。 我能夠在SO上找到兩個 相關的答案，但是沒有一個能為我提供足夠的信息來以高效的方式解決這個問題。 我想將IRanges列表合並為一個IRanges。 這是一個示例輸入： 為了便於復制，則dput這個名單是在我 ...

組合IRanges對象並維護mcol

[英]Combining IRanges objects and maintaining mcols

我將從一個示例開始，然后描述我要使用的邏輯。 我有兩個正常的IRanges對象，它們跨越相同的總范圍，但可能在不同數量的范圍內。 每個IRanges有一個mcol ，但mcol是在不同IRanges 。 您可以看到這兩個IRanges范圍都是1到167，但是a范圍a一個， b范圍 ...

繪制時間間隔的重疊

[英]Plot overlaps of time intervals

我有以下df 我通過ID添加了每個組（a，b，c，d）的間隔。 首先，我將開始日期和結束日期轉換為潤滑間隔。 我想繪制間隔並計算每組結束與下一組開始之間的時間差（如果沒有重疊）。 我嘗試使用IRanges包並將日期轉換為整數（如此處使用的（鏈接） ），但對我不起作用。 我的 ...

根據日期在組內拆分重疊的行

[英]Splitting overlapping rows, within groups, based on dates

我正在嘗試根據現有行的重疊時間段創建新行。 例如，我想打開它： 變成這樣的東西： 我一直在研究IRanges，因為似乎disjoin（）可能是一種可能的解決方案，但是我看不到任何繼承/合並“ Prod”數據的方法。 我也一直在嘗試使用dplyr中的超前/滯 ...

排序IRanges的列表對象以使所有元素遞減

[英]Ordering list object of IRanges to get all elements decreasing

我在嘗試通過降低順序來按元素逐個排序列表時遇到困難... 我有一個ByPos_Mindex對象或來自1000個IRange對象（CG_seqP）的列表 長度（這些IRanges中的1000個） 然后，我將其更改為僅包含起始整數的列表（我想要的） （其中1000個） ...

將數據框分成相等大小的重疊組

[英]Splitting a dataframe into overlapping groups of equal sizes

我正在尋找一種將數據分成幾組的方法，其中每組由我定義的相同窗口大小組成。 例如，如果我希望窗口大小為20，則組將為： 1-20，11-30，21-40。 只要組的大小不超過20，它就可以繼續添加到同一組中。 我嘗試使用split函數，但是無法使用它實現這種方式。 有沒有解決的 ...

R中的函數coverage（）

[英]Function coverage () in R

我想了解功能范圍對IRange的作用。 例如以下代碼： ir <-IRanges（1：3，width = 3）ir IRanges具有3個范圍和0個元數據列的對象：開始結束寬度[1] 1 3 3 [2] 2 4 3 [3] 3 5 3 coverage（ir）整數-長度為5的5 ...

循環遍歷R中的GRanges列表的對象

[英]loop over objects of GRanges list in R

我在遍歷GRanges列表時遇到問題。 我的feature包含一個對象列表： ... 和我的interval是這樣的： 對於功能文件中的每個對象（例如$ FOS），我都可以執行 每個對象一切都很好，但是當我嘗試使用lapply ，第二步不起作用 我得到 ...

獲得重疊的特定范圍

[英]Obtain the specific range that overlap

我有兩個數據框：cnv_1 cnv_2 每個帶有大約150000個條目。 我想知道的哪些片段cnv_1重疊在任何方面與cnv_2 ，並且-這是最重要的我-來獲得重疊的特定區域。 例如，對示例的data.frames執行此操作，以獲得： 非常感謝你 ...

有什么方法可以從嵌套列表中更優雅地提取出名為IntegerList的內容嗎？

[英]Any way to extract out named IntegerList more elegantly from nested list?

我在IntegerList中有位置索引列表，我打算過濾給定的閾值，並且效果很好。 但是，我想為每個IntegerList提取特定的過濾集之一，以供進一步使用。 我知道myList是嵌套的list，並且非常基於真實數據集對數據進行了模擬。 有什么方法可以輕松優雅地檢索想要的IntegerLi ...

根據臨界值將區域分成較小的區域

[英]Break region into smaller regions based on cutoff

我假設這是一個比較簡單的編程問題，但是我一直在努力。 主要是因為我不知道該使用正確的單詞，也許嗎？ 給定一組“范圍”（以1-一組數字的形式表示，如下所示，2-IRanges或3-GenomicRanges），我想將其拆分為一組較小的范圍。 示例開頭： 休息時間示例：2000 ...