如何使用 ${LSB_JOB_INDEX} 在 LSF 平台中運行 for 循環

[英]How to use ${LSB_JOB_INDEX} to run a for loop in LSF platform

我有一個看起來像這樣的 for 循環，我想將它轉換為數組作業。 我想並行運行 100 個作業，但我不完全確定可以在哪里添加${LSB_JOB_INDEX}參數。 歡迎任何幫助或指導！ 感謝您的時間; 任何幫助表示贊賞。 我是LSF的初學者並且很困惑 ...

為什么有些命令在 Perl 和 linux 終端中運行時給出不同的 output

[英]Why some commands are give different output when ran in Perl and in linux terminal

當我運行這個命令時： 在終端中，所有正在運行的 JOB_NAMES 都即將到來，但是當我在 per_script 中執行此操作時，只有 JOB_ID 即將到來。 Perl 腳本代碼如下： Perl 需要改變什么？ ...

jug status 'Active' 是什么意思，為什么它不等於請求的 procs 數量？

[英]What does jug status 'Active' mean, and why does it not equal the number of procs requested?

我一直無法找到“活動”任務的狀態。 我正在使用 JUG 2.1.1，我沒有看到該詞出現在手冊的任何地方，除了在關於“主動等待”的腳注中。 我正在使用 LSF 陣列來運行大量（數十萬）分鍾長的單核作業。 奇怪的是，雖然工作確實從“就緒”變為“完成”，並且沒有一個被列為“失敗”或“等待”，但我在 ou ...

如何使用變量來定義 bsub jobname？

[英]How to use a variable to define bsub jobname?

我不知道先驗的最大工作數量。 因此，當我將其保留為變量時： （我將上面的腳本myjob.lsf ） 並將作業提交為bsub < myjob.lsf ，我得到： 糟糕的工作名稱。 作業未提交。 那么有沒有一種方法可以在 myjob.lsf 中的myjob.lsf #BSUB -J myjob ...

pacclient.py 不適用於 IBM Spectrum LSF Application Center Community Edition

[英]pacclient.py is not working with IBM Spectrum LSF Application Center Community Edition

使用 package lsfsce10.2.0.12-x86_64.tar.gz安裝 IBM Spectrum LSF 社區版已安裝 IBM Spectrum LSF 10.1 Fix Pack 12 已安裝 IBM Spectrum LSF Application Center 10.2 Fix ...

UNIX 和 LINUX bsub 命令 -W 限制

[英]UNIX and LINUX bsub command -W limit

我正在嘗試在特定位置使用 bsub 命令提交 10 個作業。 當我運行它時，我不斷收到錯誤 我不確定為什么會出現這樣的錯誤，因為我在最后一行使用 -W 命令明確限制了時間。 有人可以幫我解決這個問題嗎？ 謝謝使用前置命令更新 - ...

防止在模塊卸載 ibm 負載共享設施上運行 exec 命令

[英]Prevent exec command running on module unload ibm load sharing facilty

我有一個 tcl 腳本，它是 IBM 負載共享工具 (lsf) 中的一個模塊文件，用於配置一些環境變量並使用exec命令啟動 python 腳本。 當模塊正常卸載時，所有命令都會運行，但exec命令也會正常運行。 我希望它使exec部分僅在module load運行，而不是在module unlo ...

為什么這個python Lark 語法這么慢？

[英]Why is this this python Lark grammar so slow?

我正在嘗試解析“ypcat -k netgroup”的輸出輸出看起來像這種格式的許多行： 或有時 我首先嘗試使用這個雲雀語法： 解析 4000 行需要 60 秒！？ 這似乎很長，所以我寫了一個手工編碼的解析器： 這花了 0.8 秒。 我究竟做錯了什么？ ...

從主 sh 腳本調用 5 個 sh 腳本

[英]Call 5 sh scripts from main sh script

我想要一些有關如何在 HPC 上正確設置復雜作業的幫助。 因此，在我的 python 代碼中的某個時刻，我想使用 os.system("bsub -K < mama.sh") 提交作業，我認為 -K arg 實際上會等待作業結束后再繼續。 所以現在我想從這個 mama.sh 腳本中調用 5 個 ...

僅在所有 bjobs 完成時打印“Jobs Finished”

[英]Print “Jobs Finished” only when all the bjobs are completed

我有一個 python 腳本，它使用 bjobs 提交多個作業。 下面是代碼片段 我只想在所有作業完成后打印“已完成運行”。 我該怎么做？ ...

當沒有作業正在運行時，如何修復具有命令 [exec bjobs] 的 tcl 腳本中的錯誤消息？

[英]How to fix error message in tcl script having command [exec bjobs] when no jobs are running?

當我運行包含以下行的 Tcl 腳本時： 當作業存在時，它工作正常，但沒有作業正在運行，它顯示如下錯誤： 如何避免這個錯誤？ 請讓我知道如何避免此類錯誤。 ...

Matlab 產生的線程太多

[英]Matlab is spawning way too many threads

所以，我在一個 Linux 集群上運行，有很多計算節點可供選擇。 我獲得了該節點的獨占使用權。 批量提交。 我遇到了限制線程數量的問題。 我應該提到我有一個 parfor 循環。 當我使用 -singleCompThread 選項啟動 matlab 時，它似乎不起作用。 我提交了一個有 2 個內核的 ...

在執行主機上獲取 $LSB_JOBID

[英]Get $LSB_JOBID on execution host

我無法訪問該作業中已提交的非交互式作業的 JOB-ID。 使用交互式作業時，我可以通過$LSB_JOBID訪問作業 ID。 但是該變量不會傳播到執行主機。 但是，不同的來源 state，LSB_JOBID 被傳播，而其他來源 state，它不是（尋找 -env）。 有什么解決辦法嗎？ 我的系統為每 ...

集群上的 Snakemake：OutputException 並為每個通配符項目提交一個作業

[英]Snakemake on cluster: OutputException and submit one job for each wildcard item

我嘗試在帶有LSF profile 的LSF 上使用 snakemake ，但是在使用通配符時只提交了一項作業。 Submitted job 1 with external jobid '660343 logs/cluster/try_expand/unique/jobid1_4530cab3-d ...

有沒有辦法在創建作業時在 lsf 中標記作業，以便稍后搜索？

[英]Is there a way to tag a job in lsf when you create it, something you can search on later on?

有沒有辦法用用戶指定的值來標記 lsf 中的工作……我以后可以搜索的東西？ 假設我創建了一份工作，我想在我可能正在運行的所有其他工作中找到它。 我不知道它是 job_id，我不知道它是 state，等等...。 但我確實知道，當我創建它時，我用我希望可以搜索的值標記了它。 所以理論上... ls ...

如何使用 IBM LSF 運行 Docker 容器

[英]How to Run Docker Container Using IBM LSF

我正在嘗試使用 IBM LSF Spectrum bsub 命令觸發 Docker 容器。 我使用的操作系統是 RHEL 8.1 我已經啟動了 IBM LSF，使用顯示“集群名稱和主名稱”的 lsid 命令檢查它是否正在運行。 在 configdir/lsb.params 下我也設置了 docker ...

僅在作業失敗時發送 email

[英]Send email only if the job fails

我有以下陣列作業設置： 工作完成后，這將向我發送 50 封電子郵件，標題中如下所示： 是否可以僅在作業失敗時發送 email。 例如，如果第 11、12 和 25 個工作在 50 個工作中失敗，我只會收到 3 封電子郵件？ 讓我知道是否有任何不清楚的地方。 ...

LSF 中的 ngpus_excl_p

[英]ngpus_excl_p in LSF

ngpus_excl_p: Number of GPUs in exclusive process mode, since only one context is allowed per GPU, does this mean that GPU resources are underutiliz ...

為什么在 Slurm 中重復調用 squeue 不受歡迎？

[英]Why are repetitive calls to squeue in Slurm frown upon?

為什么不建議在循環中運行squeue以避免 Slurm 過載，但是對於來自 LSF 的bjobs工具或來自 SGE 的qstat沒有提到此類限制？ squeue的手冊頁指出： 表現執行 squeue 會向 slurmctld 發送遠程過程調用。 如果來自 squeue 或其他將遠程過程調用發送到 ...

如何使用 lsf.yaml 與蛇形？

[英]How to use lsf.yaml with snakemake?

我想將蛇形與 LSF 一起使用。 我遵循這個 url 。 我的 Snakefile 包含： 在同一路徑中，我有文件 lsf.yaml。 該文件包含： 當我使用以下命令運行它時，它運行正常： 蛇制造 -j 1 當我嘗試用 lsf 測試它時失敗了。 我跑： snakemake -j 1 --clus ...