關於使用 MDAnalysis 計算生存概率中的 tau_max python package

[英]Regarding tau_max in Survival Probability calculation using MDAnalysis python package

我是一般使用 MDAnalysis 以及 python 的新手。 我對一種蛋白質進行了 100 ns 的模擬，想計算我選擇的水分子的存活概率。 事情是使用給定的 MDAnalsyis 生存概率代碼，我成功生成了圖形（x=時間，y=SP）但無法理解時間是否以幀/ns/ps 為單位。 出於試用目的，我 ...

MDAnalysis：從同一宇宙的讀者保存的軌跡不正確

[英]MDAnalysis: Trajectories saved from Readers of the same Universe are incorrect

我在 MDAnalysis（2.2.0）宇宙中的模擬生理環境（水、離子、膜……）中具有膜蛋白的三個軌跡復制品（xtc）。 我想保存其他三個僅包含蛋白質（蛋白質原子）軌跡的額外 xtc，每個原始 xtc 軌跡一個。 當我嘗試遍歷包含在 Universe 中的三個 MDAnalysis 讀取器中的每一個 ...

如何使用 MDAnalysis 計算蛋白質的質心？

[英]How to calculate center of mass of proteins using MDAnalysis?

我的處境有點不尋常。 根據殘基名稱，有七種不同的蛋白質存儲在一個文件中。 每種蛋白質都有不同的序列長度。 現在我需要計算每個蛋白質的質心並生成時間序列數據。我知道如何處理單個蛋白質，但不知道如何處理多個蛋白質系統。 對於單一蛋白質，我可以這樣做：import MDAnalysis as mda i ...

如何通過 MDAnalysis 軌跡高效迭代，保存殘差屬性時間序列？

[英]How to iterate efficiently through MDAnalysis trajectory and save residue attribute time series?

我有一些使用 MDAnalysis 的工作代碼，它將質量時間序列的殘差中心保存在一個數組中，但我想知道是否有更 Pythonic 或整體高效/快速的方式（理解、數組操作......）來做到這一點。import MDAnalysis as mda mdau = mda.Universe(pdb, x ...

MDAnalysis如何索引收費？

[英]MDAnalysis how to index the charge?

我一直在試圖弄清楚這個非常依賴於收費的過程。 但是，我發現，對於水，我得到的水分子電荷總和的值不等於 0。 為了調查這個問題，我想比較 MDAnalysis 和我的拓撲文件使用的費用值，看看問題可能出在哪里。 在我的初始代碼中，我可以使用以下方法來收取費用： 這對我有用 因此，為了查看這種差異可能 ...

使用 python 進行 MD 分析

[英]MD analysis using python

我正在嘗試運行這個（python3 traj_orientation-group.py -g fnIII-9_ps20_Nchain6_T298_nw.gro -x fnIII-9_ps20_Nchain6_T298_nw.xtc -o fnIII-9_ps20_Nchain6_run1.phrsn ...

數據分析-MD分析Python

[英]Data analysis - MD analysis Python

我看到這個錯誤，需要幫助！ warnings.warn("無法猜測以下原子類型的質量：{}".format(atom_type)) Traceback（最近一次調用最后一次）：文件“traj_residue-z.py”，第 48 行，in protein_z=protein。質心（） [2] I ...

MDAnalysis 將離子軌跡中的 position 與之前的 ts 進行比較

[英]MDAnalysis comparing position of ion in trajectory to previous ts

所以我有一個系統，我需要能夠確定我的離子的確切 position 並對該離子的平均 position 運行方程。 我發現我的離子位置不一致，因為一些離子穿過周期性邊界並嚴重改變了 position 的 window。 當離子剛剛在 +40 和 -40 之間移動時，導致我平均說 +20。 我想通過實施 ...

在 MD 分析中獲取每個循環的單個原子的電荷

[英]Getting the charge of a single atom, per loop in MD Analysis

我一直在嘗試使用一個特定離子的部分電荷來進行 mdanalysis 中的計算。 我已經嘗試過（這只是我知道拋出錯誤的代碼片段）： 但我不斷收到與此相關的錯誤。 當它通過循環以在 MD 分析中獲得它的電荷時，我將如何選擇這個特定的原子？ 在我將 q 設置為等於一個常量之前，代碼運行良好，所以我知 ...

如何使用 atomselect 在 pdb 文件中為 MDAnalysis 指定 atomNumbers/Index 位置？

[英]How to use atomselect to specify atomNumbers/Index position in a pdb file for MDAnalysis?

閱讀完文檔后，我仍然無法找到一種方法來使用 MDAnalysis 在我的 pdb 文件中選擇一個特定的原子。 對於我的項目，我基本上是在外加電場中通過膜通道拉動氯化物。 我想使用 MDAnalysis 專門選擇通過通道推送的這種氯化物。 不幸的是，這不是同一系統或什至段中唯一的氯化物，因此選擇重命 ...

使用 MDAnalysis 從 pdb 中提取數組中的坐標

[英]Using MDAnalysis to extract coordinates in an array from pdb

我有一個 pdb 文件，它是一個更大系統的子集。 這個 pdb 很特別，因為我有一些基於這個文件坐標系的向量。 我想將這些向量和該系統的基向量繪制到 pdb 上。 最終，我想在向量和基向量通過一些 MD 模擬時對其進行可視化，在該模擬中，我根據隨時間變化的軌跡更新向量 position。 首先，我想 ...

在 Google Colaboratory 上安裝並導入 MDAnalysis for Python？ 問題

[英]Install and Import MDAnalysis on Google Colaboratory for Python? Problems

我正在嘗試在 Google Colaboratory 上安裝和導入MDAnalysis和 MDAnalysisTests 庫，我嘗試了三種方法但沒有任何效果： 使用默認值：!pip 安裝庫 但我得到： 我讀到這種錯誤與缺少補充庫或其他東西有關，但我不知道在哪里可以找到更多相關信息，所以我希望，也許這 ...

使用 MDAnalysis 獲得徑向分布函數

[英]Obtaining Radial Distribution Functions using MDAnalysis

我在 GROMOS54a7 中運行一個簡單的苯模擬。 我想使用 MDAnalysis 1.0.0 計算每個苯分子質心的 RDF。 這可能嗎？ 我在 Jupyter Notebook 中使用以下代碼為 C 分子 g_cc(r) 創建了 rdf： 我想獲取每個苯分子（每個苯分子在我的模擬中都是一個殘基） ...

NameError: 名稱 'pbc' 未定義

[英]NameError: name 'pbc' is not defined

您好，我正在通過 python-3.7 學習 MDAnalysis。 請您檢查我的代碼並建議如何解決以下錯誤： 代碼（部分）如下： ...

關於使用 MDAPackmol（python 中的 packmol）的問題

[英]Question about Using MDAPackmol (packmol in python)

我想為我的研究使用 Packmol (MDAPackmol) 的 python 包裝器。 為此，我嘗試使用GitHub上提供的示例代碼和 pdb 文件，以便了解如何使用包裝器。 但是，當我運行代碼時，我收到以下錯誤消息： ValueError: invalid literal for int() w ...

將殘基 ID 添加到由水坐標的時間序列數據組成的 numpy 數組

[英]Adding residue IDs to a numpy array consisting of time series data of water coordinates

我得到了這個用於生成水分子時間序列數據的腳本，我想在生成的帶有水分子殘基 ID 的矩陣中再添加一個 header 行。 有人可以幫忙修改這個腳本嗎？ 謝謝！ ...

來自其 dcd 文件的水分子的時間序列數據

[英]Time series data for water molecules from its dcd file

我正在嘗試制作一個文件，其中包含來自 dcd 文件的水分子的時間序列數據。 是否可以使用任何 MDAnalysis 模塊或函數生成此數據？ 或者有沒有python腳本來生成這個文件？ 我需要通過使用 DCD 文件作為輸入來生成包含兩列（一列具有水分子的 z 坐標，第二列具有各自的時間步長）的文件。 ...

使用 MDAnalysis 從 MD 軌跡文件中提取一條鏈

[英]Extracting one chain from MD trajectory file using MDAnalysis

我想使用 MDAnalysis 從我的分子動力學軌跡（xtc 文件）中提取一條鏈。 我希望它非常簡單，但是發生了錯誤，我不確定為什么會得到它。 這是代碼： 它返回錯誤： AttributeError: AtomGroup has no attribute segids 在 MDAnalysis ...

python 問題：未定義符號：sqmI

[英]problem with python: undefined symbol: sqmI

我已經在我的Ubuntu上安裝了這個包：pyinteraph.py 安裝后，我遇到了這個問題： 我不知道如何解決它 ...

我可以只對 PDB 文件進行 PCA（在 python3.x 中使用 MDAnalysis）嗎？

[英]Can I do PCA (using MDAnalysis in python3.x) with PDB file only?

我可能有比代碼相關的更多技術問題。 我嘗試僅使用 PDB 文件執行 PCA（使用 MDAnalysis 包）——這個 pdb 文件包含 100 個對齊的結構（當然，它們是相同的——這意味着原子的類型和數量相同；它是在 PyMol 中完成的）。 我使用我之前制作的帶有標准軌跡的 PCA 代碼，但它返 ...