权限被拒绝的错误靠近python模块（igraph）安装结束

Question

I'm trying to install igraph 0.7. It's on a cluster, so it must be done in my home directory. I'm using pip and pointing it to a local archive. The process works well, until then end, when I get a permission denied error.

pequodr@labq02 [~/modules] % pip install --user python-igraph-0.7.tar.gz 

[LOTS OF OUTPUT CLIPPED]

byte-compiling /home/pequodr/pequodr/.local/lib/python2.7/site-packages/igraph/clustering.py to clustering.pyc
byte-compiling /home/pequodr/pequodr/.local/lib/python2.7/site-packages/igraph/summary.py to summary.pyc
byte-compiling /home/pequodr/pequodr/.local/lib/python2.7/site-packages/igraph/statistics.py to statistics.pyc
byte-compiling /home/pequodr/pequodr/.local/lib/python2.7/site-packages/igraph/compat.py to compat.pyc
running install_headers
creating /soft/python-epd/canopy-1.4.1/include/site
error: could not create '/soft/python-epd/canopy-1.4.1/include/site': Permission denied
----------------------------------------
Cleaning up...
Command /soft/python-epd/canopy-1.4.1/bin/python -c "import setuptools, tokenize;__file__='/tmp/pip-_iGu38-build/setup.py';exec(compile(getattr(tokenize, 'open', open)(__file__).read().replace('\r\n', '\n'), __file__, 'exec'))" install --record /tmp/pip-_slLtx-record/install-record.txt --single-version-externally-managed --compile --install-headers /soft/python-epd/canopy-1.4.1/include/site/python2.7 --user failed with error code 1 in /tmp/pip-_iGu38-build
Storing debug log for failure in /home/pequodr/pequodr/.pip/pip.log
pequodr@labq02 [~/modules] % 

What's interesting is that the package seems to work okay. I can import it and use it in python.

How can I get around this error? Since the package works, can it be ignored, or will it come back to haunt me later? What does it mean?

EDIT

Here is the output of ls -l /soft/python-epd/canopy-1.4.1/include/

total 8640
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   4857 Jan  8 12:07 clog_commset.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst    696 Jan  8 12:07 clog_const.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst    737 Jan  8 12:07 clog_inttypes.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   1353 Jan  8 12:07 clog_uuid.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   3997 Jan  8 12:00 cpl_atomic_ops.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst    627 Jan  8 12:00 cpl_config_extras.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   6397 Jan  8 12:00 cpl_config.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst  13436 Jan  8 12:00 cpl_conv.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   2871 Jan  8 12:00 cpl_csv.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   5072 Jan  8 12:00 cpl_error.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   3478 Jan  8 12:00 cpl_hash_set.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   4148 Jan  8 12:00 cpl_http.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   2828 Jan  8 12:00 cplkeywordparser.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   2813 Jan  8 12:00 cpl_list.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   6641 Jan  8 12:00 cpl_minixml.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   3114 Jan  8 12:00 cpl_minizip_ioapi.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst  13825 Jan  8 12:00 cpl_minizip_unzip.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   9758 Jan  8 12:00 cpl_minizip_zip.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   6285 Jan  8 12:00 cpl_multiproc.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   9352 Jan  8 12:00 cpl_odbc.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst  21384 Jan  8 12:00 cpl_port.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   2212 Jan  8 12:00 cpl_progress.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   4505 Jan  8 12:00 cpl_quad_tree.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   3569 Jan  8 12:00 cpl_spawn.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst  14916 Jan  8 12:00 cpl_string.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   1935 Jan  8 12:00 cpl_time.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst  16181 Jan  8 12:00 cpl_virtualmem.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst  11897 Jan  8 12:00 cpl_vsi.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   2549 Jan  8 12:00 cpl_vsil_curl_priv.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   8307 Jan  8 12:00 cpl_vsi_virtual.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   2973 Jan  8 12:00 cpl_win32ce_api.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   1821 Jan  8 12:00 cpl_wince.h
drwxr-xr-x.  2 swinst swinst   4096 Jan  8 12:00 curl
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   3364 Jan  8 12:00 expat_external.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst  40339 Jan  8 12:00 expat.h
drwxr-xr-x.  3 swinst swinst   8192 Jan  8 12:02 freetype2
-rw-r--r--.  1 swinst swinst  19306 Jan  8 12:00 gdal_alg.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   7501 Jan  8 12:00 gdal_alg_priv.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   1890 Jan  8 12:00 gdal_csv.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   9476 Jan  8 12:00 gdalexif.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   7373 Jan  8 12:00 gdal_frmts.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   2397 Jan  8 12:00 gdalgeorefpamdataset.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   5289 Jan  8 12:00 gdalgrid.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   3009 Jan  8 12:00 gdalgrid_priv.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst  41298 Jan  8 12:00 gdal.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   2123 Jan  8 12:00 gdaljp2abstractdataset.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   4888 Jan  8 12:00 gdaljp2metadata.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst  12217 Jan  8 12:00 gdal_pam.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst  37917 Jan  8 12:00 gdal_priv.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst  17067 Jan  8 12:00 gdal_proxy.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst  12975 Jan  8 12:00 gdal_rat.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst  17447 Jan  8 12:00 gdal_simplesurf.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   1034 Jan  8 12:00 gdal_version.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   4538 Jan  8 12:00 gdal_vrt.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst  16951 Jan  8 12:00 gdalwarper.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   6250 Jan  8 12:00 gdalwarpkernel_opencl.h
drwxr-xr-x. 15 swinst swinst   8192 Jan  8 12:03 geos
-rw-r--r--.  1 swinst swinst  64011 Jan  8 12:03 geos_c.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst    866 Jan  8 12:03 geos.h
drwxr-xr-x.  3 swinst swinst   4096 Jan  8 12:05 gio-unix-2.0
drwxr-xr-x.  5 swinst swinst   4096 Jan  8 12:05 glib-2.0
drwxr-xr-x.  3 swinst swinst   4096 Jan  8 12:05 gstreamer-0.10
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   2886 Jan  8 12:00 gvgcpfit.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst  22588 Jan  8 12:00 H5ACpublic.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst  14401 Jan  8 12:00 H5api_adpt.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   5629 Jan  8 12:00 H5Apublic.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   1918 Jan  8 12:00 H5Cpublic.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   1592 Jan  8 12:00 H5DOpublic.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   6616 Jan  8 12:00 H5Dpublic.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   2748 Jan  8 12:00 H5DSpublic.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst  19492 Jan  8 12:00 H5Epubgen.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   9174 Jan  8 12:00 H5Epublic.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   1705 Jan  8 12:00 H5FDcore.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   2172 Jan  8 12:00 H5FDdirect.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   1723 Jan  8 12:00 H5FDfamily.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   3243 Jan  8 12:00 H5FDlog.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   2806 Jan  8 12:00 H5FDmpi.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   2499 Jan  8 12:00 H5FDmpio.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   1900 Jan  8 12:00 H5FDmpiposix.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   2095 Jan  8 12:00 H5FDmulti.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst  13879 Jan  8 12:00 H5FDpublic.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   1555 Jan  8 12:00 H5FDsec2.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   1561 Jan  8 12:00 H5FDstdio.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   8717 Jan  8 12:00 H5Fpublic.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   7309 Jan  8 12:00 H5Gpublic.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   3432 Jan  8 12:00 H5IMpublic.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   4641 Jan  8 12:00 H5Ipublic.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   9324 Jan  8 12:00 H5Lpublic.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst  14340 Jan  8 12:00 H5LTpublic.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   1933 Jan  8 12:00 H5MMpublic.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst  10238 Jan  8 12:00 H5Opublic.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst  99992 Jan  8 12:00 H5overflow.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   2882 Jan  8 12:00 H5PLextern.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst  24235 Jan  8 12:00 H5Ppublic.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   4011 Jan  8 12:00 H5PTpublic.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst  22089 Jan  8 12:00 H5pubconf.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst  11180 Jan  8 12:00 H5public.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   3686 Jan  8 12:00 H5Rpublic.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   7405 Jan  8 12:00 H5Spublic.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   8577 Jan  8 12:00 H5TBpublic.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst  27329 Jan  8 12:00 H5Tpublic.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst  12558 Jan  8 12:00 H5version.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst  11262 Jan  8 12:00 H5Zpublic.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   2655 Jan  8 12:00 hdf5.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   1604 Jan  8 12:00 hdf5_hl.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   1352 Oct 13 10:42 jconfig.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst  14581 Oct 13 10:42 jerror.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst  12653 Oct 13 10:42 jmorecfg.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst  47474 Oct 13 10:42 jpeglib.h
drwxr-xr-x.  2 swinst swinst   4096 Jan  8 12:00 libexslt
drwxr-xr-x.  2 swinst swinst   4096 Jan  8 11:58 libpng16
drwxr-xr-x.  3 swinst swinst   4096 Jan  8 12:00 libxml2
drwxr-xr-x.  2 swinst swinst   4096 Jan  8 12:00 libxslt
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   5712 Jan  8 12:00 memdataset.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   2342 Jan  8 12:07 mpe_callstack.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   1184 Jan  8 12:06 mpe_graphicsf.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   6083 Jan  8 12:06 mpe_graphics.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst    355 Jan  8 12:06 mpe.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   1833 Jan  8 12:06 mpe_logf.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst  11102 Jan  8 12:07 mpe_log.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   2721 Jan  8 12:07 mpe_log_thread.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   1322 Jan  8 12:06 mpe_misc.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst 102269 Jan  8 12:06 mpi_base.mod
-rw-r--r--.  1 swinst swinst  45898 Jan  8 12:07 mpi_constants.mod
-rw-r--r--.  1 swinst swinst 100748 Jan  8 12:07 mpicxx.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst  18320 Jan  8 12:07 mpif.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst  55767 Jan  8 12:07 mpi.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst 158455 Jan  8 12:07 mpi.mod
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   1190 Jan  8 12:06 mpiof.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst  16710 Jan  8 12:07 mpio.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   9390 Jan  8 12:07 mpi_sizeofs.mod
-rw-r--r--.  1 swinst swinst    591 Jan  8 12:07 mpix.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst  60373 Jan  8 12:00 netcdf.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst  29693 Jan  8 12:00 ogr_api.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst  20574 Jan  8 12:00 ogr_core.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst  17318 Jan  8 12:00 ogr_feature.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst  19439 Jan  8 12:00 ogr_featurestyle.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   2554 Jan  8 12:00 ogr_geocoding.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst  26955 Jan  8 12:00 ogr_geometry.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   6974 Jan  8 12:00 ogr_p.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst  17903 Jan  8 12:00 ogrsf_frmts.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst  26958 Jan  8 12:00 ogr_spatialref.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst  36834 Jan  8 12:00 ogr_srs_api.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   6682 Jan  8 12:07 opa_config.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   5937 Jan  8 12:07 opa_primitives.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst  14465 Jan  8 12:07 opa_queue.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst    882 Jan  8 12:07 opa_util.h
lrwxrwxrwx.  1 swinst swinst     18 Jan  8 11:58 pngconf.h -> libpng16/pngconf.h
lrwxrwxrwx.  1 swinst swinst     14 Jan  8 11:58 png.h -> libpng16/png.h
lrwxrwxrwx.  1 swinst swinst     21 Jan  8 11:58 pnglibconf.h -> libpng16/pnglibconf.h
drwxr-xr-x.  2 swinst swinst   4096 Jan  8 12:07 primitives
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   6630 Jan  8 12:00 rawdataset.h
drwxr-xr-x.  2 swinst swinst   4096 Jan  8 12:04 theora
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   4927 Jan  8 12:00 thinplatespline.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst  35765 Jan  8 12:00 vrtdataset.h
drwxr-xr-x. 21 swinst swinst 274432 Jan  8 12:03 vtk-5.10
drwxr-xr-x.  3 swinst swinst   4096 Jan  8 12:02 wx-2.8
-rw-r--r--.  1 swinst swinst  54225 Jan  8 12:05 yaml.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst  14351 Jan  8 12:00 zconf.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst  86076 Jan  8 12:00 zlib.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst  14084 Jan  8 12:02 zmq.h
-rw-r--r--.  1 swinst swinst   3588 Jan  8 12:02 zmq_utils.h

Answer 1

You can safely ignore the message. python-igraph tries to add a header file named igraphmodule_api.h to the list of Python headers to make it possible for other extension written in C to use some of igraph's internal API. You won't need this unless you want to develop another Python extension in C to extend the functionality of the igraph module in Python.

If the message annoys you, you can edit setup.py and remove the line that refers to igraphmodule_api.h to get rid of the warning.