降低假发分辨率

Question

I have some very large WIG files from ChIP-seq binding profiles, but I wish to upload the wig files to some online genome browser. 我有一些来自ChIP-seq绑定配置文件的非常大的WIG文件，但我希望将假发文件上传到一些在线基因组浏览器。 Therefore I need to reduce the size of the wig file, by lowering resolution. 因此，我需要通过降低分辨率来减小假发文件的大小。

Say I don't need a 100 bp window, I can accept 1000 bp window to visualize the binding profile. 假设我不需要100 bp的窗口，我可以接受1000 bp的窗口以可视化绑定配置文件。 Not sure if there are some effective algorithms to do that? 不确定是否有一些有效的算法可以做到这一点？

I can implement using java or R. 我可以使用Java或R来实现。

Answer 1

Currently the most convenient way is to use SPP to lower the resolution of Wig while generating them from Bam. 当前，最方便的方法是使用SPP降低假发的分辨率，同时从Bam生成假发。

Following scripts might be useful. 以下脚本可能有用。

bamtowig("treat.bam","control.bam","name","OutDir",150, 50)
tag.dens<-get.smoothed.tag.density(chip.data, control.tags=input.data, bandwidth=bandwidth, step=step) 
writewig(tag.dens, fname=paste(nam, ".TagDens.bd",bandwidth,".st",step,".wig", sep=""),paste("Tag Density", bandwidth, step))

Another way is parsing the wig directly, as wig is text file, you can write a script that read the wig line by line and merge to the large windows should be an option. 另一种方法是直接解析假发，因为假发是文本文件，因此您可以编写一个脚本来逐行读取假发并合并到大窗口中。 For large windows, average value can be used. 对于大窗口，可以使用平均值。

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问题描述

1 个解决方案

解决方案1
2 已采纳 2016-02-03 21:02:36

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解决方案1 2 已采纳 2016-02-03 21:02:36

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