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ImageJ 宏在 ROI 分析过程中出现循环错误 - ImageJ macro has loop error during ROI analysis

我正在尝试分析用于 cFos 分析的共聚焦显微镜图像。 从maxstacked图像中,我取了DAPI的ROI,放大了ROI来检测转基因标记的表达程度。 所以我可以发现转基因Piezo1的表达是否与cFof水平的增加有关。 这就是问题所在,当我通过以不同方式处理 DAPI 图像来获取 ROI 两次时效 ...

如何使用平均强度检测黑框并使用 imagej 从 avi 文件中删除它? - How to detect a black frame using mean intensity and remove it from an avi file using imagej?

我想用斐济构建一个插件,在其中输入灰度的 avi 视频/帧序列和 output 没有黑帧的 avi/帧(删除它们)。 我想为此录制一个宏。 我下载了一个 avi 视频并将帧导入斐济。 怎样才能把上面的过程记录下来给我想要的结果呢? 我是斐济的新手。 先感谢您 ...

如何解决 ImageJ 运行(“HSB 堆栈”)错误/错误? - How to work around ImageJ run("HSB stack") error/ bug?

我正在为 ImageJ 开发宏。 目标是对上面有几个种子进行彩色扫描,然后在种子周围进行裁剪,以获得几个大小相同的图像,每个图像上都有一个种子。 这是宏的基本思想:提示 select 文件夹进行扫描(有关种子的信息在图像的名称中)> select 种子的阈值 > 在原始图像上围绕每个种 ...

设置 ImageJ 宏以批处理实验室图像 - Setting up ImageJ Macros to batch process lab images

我目前正在尝试使用 ImageJ/Fiji 一次批量处理大量实验室图像,但我很难让它处理图像。 每当拉起文件时,就会有三个图像被分成通道并在单独的 windows 中打开。 加工过程中选择了每一个window,需要进行不同的加工。 我目前正在尝试弄清楚如何根据特定参数而不是 window 的确切名称 ...

在 R 中的列表上应用 ImageJ 的系统调用 - Applying a System Call for ImageJ over a List in R

我正在处理一个父文件夹的多个子目录中的大量图像文件。 我正在尝试运行 ImageJ 宏来批处理图像(具体来说,我正在尝试将在显微镜上拍摄的一系列图像拼接成单个图像)。 不幸的是,我不认为我不能将它作为 ImageJ 宏运行,因为图像是用不同的网格大小拍摄的,即有些是 2x3,有些是 3x3,有些是 ...

在 ImageJ 中运行宏时出现未定义的变量错误 - Undefined variable error when running macro in ImageJ

我是 ImageJ 宏的新手,我想在斐济使用宏。 宏的代码来自这个来源。 我已经下载了代码并将其保存为文本文件。 然后我通过转到插件>宏>运行来运行宏。 我使用的 ImageJ 版本是 1.53j。 但是,当我运行宏时,出现以下错误: 我在 ImageJ 论坛上在线看到这个宏适用于其他 ...

使用 ImageJ 宏进行一些统计后,如何从结果中写入 csv 文件? - How to write csv file from the results after some statistics using ImageJ macro?

在使用 ImgaeJ 宏进行一些图像处理后,我有一个“结果”选项卡,其中包含 2 列 A 和 B。假设我有 50 行数据。 现在我想从 B 列上面的所有其他 49 行中减去最后一行的值。 在此之后,我想将所有值写入“.csv”文件(A、B 和 C 列,每列 49 个值)。 下面是部分代码。 我认为 ...

ImageJ:使用脚本参数询问输入 n 次? - ImageJ: Ask input n times using Script Parameters?

我正在尝试在 IJ1 中编写一个宏,它会询问用户: 他们要记录的事件数命名那些事件我开始使用脚本参数如下: 这不起作用,因为它不要求字符串。 即使它这样做了,我想它也不会很优雅,因为它会弹出一个 window 来询问一个名字 n 次(如果 50 次,那将是一场噩梦......) 最终,我想要: 方 ...

如何执行批处理以合并通道 - How to perform Batch processing to Merge channels

我有两个单独的文件夹,其中包含相同数量的显微镜图像(每个文件夹中有 134 个图像)。 这是针对特定细胞的两种不同染料。 我想要做的是将一个文件夹中的每个图像与另一个文件夹中的相应图像合并,即文件夹a的第一个图像与文件夹b的第一个图像等等。 我一直在尝试做这项工作,但由于每个图像都有不同的名称,我无 ...

在 ImageJ 中编写宏以打开、更改颜色和重新保存显微镜图像 - Writing Macro in ImageJ to open, change color, and resave microscope images

我正在尝试在 Image J 中编写代码: 打开文件夹中以“-GFP.vsi”结尾的单独 windows 中的所有图像使用查找表将图像转换为绿色和 RGB 颜色 从 ImageJ,命令是: run("Green"); 并运行(“RGB 颜色”); 将每个图像保存在相同的原始文件夹中,名称相同,并保存 ...

具有生物格式的 imagej/fiji 宏处理 - imagej/fiji macro processing with bio-format

我正在尝试创建一个宏,它将通过包含图像的文件运行循环。 要打开图像,我正在使用 Bio-Format 导入器,并且代码正在运行,但是,它每次都会提示我选择文件中的图像。 有没有办法让它自动运行文件? 这是我下面的代码...任何帮助将不胜感激.. 这些是我尝试过的其他一些格式,但仍然无法正常工作 ...


 
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