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在R中,一个数据框中的一列与另一个数据框中的所有列之间是否存在相关性? - In R, do correlation between a column of a data frame between all columns in another data frame?

我正在尝试确定运行 NMF 的元基因与临床元数据之间的相关性。 因此,我有两个数据框可以使用。 第一个是每个患者的具有 Metagene 表达的 h 矩阵。 另一个数据框是元数据。 我想在 n 个 Metagenes 与元数据数据框之间运行单独的关联。 具有 n 个元基因的矩阵 我想运行上述矩阵的 ...

无法找到具有相同内部尺寸的两个矩阵(来自 NMF 的 W 和 H)的点积 - Unable to find dot product of two matrix (W and H from NMF ) with same inner dimensions

我正在对 R 中的矩阵A进行非负矩阵分解 (NMF)。它在行上有基因,在列上有样本。 对于 NMF,我使用的是CRAN 包NMF 。 一旦计算了基矩阵W和系数矩阵H ,我想检查分解是否足够准确。 为此,我正在尝试计算W和H的点积,以检查是否可以取回原始矩阵A。 虽然基矩阵W和系数矩阵H的内部维度相 ...

当 scikit-learn 更新到 0.24.2(或更高版本)时,NMF 返回全零权重 - NMF returns all-zero weights when scikit-learn updates to 0.24.2 (or newer)

我长期使用非负矩阵分解(NMF)进行主题建模。 当我将环境更新到最新的病态学习更新(从 0.24.1 到 0.24.2)时,NMF 停止正常工作,而是返回全零权重。 值得注意的是,此错误不适用于 NMF-Kullback 变体。 我的 NMF 训练脚本如下所示: 有任何想法吗? ...

主题建模 - 我已经使用过 NMF 和 LDA,下一步是什么? - Topic Modelling - I have used NMF and LDA, what is next?

我已经使用 NMF 和 LDA 在 Python 中进行主题建模,我称之为 NMF 的良好结果,而 LDA 的结果不佳。 我的数据是高度特定于领域的,有很多独特/特定的词汇。 我正在尝试通过尝试其他一些方法来改善我的 NMF 输出。 任何人都可以推荐我应该研究/学习的内容吗? 谢谢 ...

八度音阶 nmf_bpas 错误:垂直尺寸不匹配(8x1 与 1x400) - octave nmf_bpas error: vertical dimensions mismatch (8x1 vs 1x400)

我在八度音阶中遇到非负矩阵分解的问题。 我试图从 Emg 数据中估计协同效应,但 octave 只能让我为两个或更多协同效应做这个,但不能为一个。 我能够使用以下代码重现该问题。 nmf_bpas 来自 octave-forge 的线性代数 pkg。 使用此输入,我收到以下错误: 当我如下定义 ...

2021-05-20 10:16:01   1   21    octave / nmf  
如何在 python sklearn 中 select NMF 的最佳组件数? - How to select optimal number of components for NMF in python sklearn?

python 的 sklearn 中没有内置的 function 来执行此操作。 在我的研究中,我发现可以通过以下方式计算“精度分数”错误(组件) 组件的最佳数量将具有最小的 err(c)。 给定以下测试代码,如何在 python 中实现精度分数? ...

文本簇中的关键字数 - Number of keywords in text cluster

我正在处理一个相当大的数据集,并希望确定哪些主题是有意义的。 我同时使用了 NMF 和 LDA(sklearn 实现),但关键问题是:什么是成功的合适衡量标准。 在视觉上,我在许多主题中只有几个高度权重的关键字(其他权重 ~ 0),以及一些主题分布更钟形的主题。 目标是什么:一个词少的话题,权重高, ...

如何使用sklearn的矩阵分解来预测新用户的推荐分数 - How to use sklearn's Matrix factorization to predict new users' recommendation scores

我正在尝试将sklearn.decomposition.NMF用于矩阵R ,其中包含有关用户如何评价项目的数据,以预测用户对他们尚未看到的项目的评分。 矩阵的行是用户,列是项目,值是分数,0 分数意味着用户还没有评价这个项目。 现在使用下面的代码,我只设法得到两个矩阵,当它们相乘时返回原始矩阵。im ...

如何使用混淆矩阵评估 NMF 主题建模? - How to evaluate NMF Topic Modeling by using Confusion Matrix?

我正在使用 NMF model 进行主题建模。 我想通过混淆矩阵来评估它的性能,或者如果有其他更好的方法来评估 NMF,我也可以。 我试图在互联网上查找教程或其他资源,但找不到任何可以帮助我解决问题的东西。 下面是我用于 NMF 主题建模的完整代码。 提前感谢您的建议和意见。 ...

R 中稀疏矩阵上的快速 NMF - Fast NMF in R on sparse matrices

我正在寻找 R 中稀疏矩阵的快速 NMF 实现。 R NMF包由许多算法组成,没有一个在计算时间方面令人印象深刻。 NNLM::nnmf()目前在 R 中似乎是最先进的,特别是method = "scd"和loss = "mse" ,实现为通过顺序坐标下降求解的交替最小二乘法。 然而,这种方 ...

2020-11-24 19:13:13   1   121    r / nmf  
优化 for 循环 RcppArmadillo 中的矩阵乘法 - optimize matrix multiplication in for loop RcppArmadillo

目的是在 R 中实现正交投影非负矩阵分解 (opnmf) 的快速版本。 我正在翻译 此处提供的 matlab 代码。 我实现了一个普通的 R 版本,但它比我的数据上的 matlab 实现慢得多(大约慢 5.5 倍),用于 20 因子解决方案。 所以我认为使用 c++ 可能会加快速度,但它的速度类似于 ...

NMF 负值 Python - NMF with negative values Python

我正在使用 Scikit-Learn NMF 算法,我想知道是否有任何方法可以在算法中使用负值,我需要它来处理 BVH 文件。 我正在使用 python 3.7.5 代码已经逐行读取 bvh 文件并验证它是否在 Motion 部分中,该部分是必须通过 NMF 到达 go 的部分,但它通常具有许多负 ...

如何计算 NMF 的 sklearn 实现中的一致性分数? - How can I calculate the coherence score in the sklearn implementation of NMF?

我正在尝试构建一个实用程序,在该实用程序中,NMF 模型每隔几天就会处理一个数据集。 为此,在第一次运行时,我提供了主题数量的起始值。 如何计算整个数据集的一致性分数? 我打算使用这个计算的分数来重建模型,以便它更准确。 下面是我使用过的代码。 ...

如何使用 Python 提取点的 x 坐标 - How do I extract x co-ordinate of a point using Python

我正在尝试构建用于主题提取的 NMF 模型。 为了重新训练模型,我必须将一个参数传递给 nmf 函数,为此我需要从算法返回的给定点传递 x 坐标,这里是参考代码: 在倒数第三行,tfidf.shape 将一个点 (3,1000) 返回给变量“no_topics”,但是我希望将该变量设置为仅 x ...


 
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