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RDA triplot in R- plot 只有数字解释变量作为箭头; 作为质心的因素 - RDA triplot in R- plot only numeric explanatory variables as arrows; factors as centroids

我在 R 的素食库中使用 capscale() 运行了基于距离的 RDA,我正在尝试将我的结果作为自定义三联图 plot。 我只希望将数字或连续解释变量绘制为箭头/向量。 目前,因素和数字解释变量都用箭头绘制,我想删除因素(地点和年份)的箭头和 plot 这些质心。 对于 plot,我提取了前 2 ...

如何更改 R 中 db-RDA 三联图中的点的颜色? - How can I change the colour of my points on my db-RDA triplot in R?

问题:我正在为 R, library(vegan)中基于距离的 RDA 的结果构建一个三联图。 我可以构建三联图,但无法弄清楚如何根据网站的位置使网站的颜色不同。 下面的代码。 当前图 我能够为环境预测因子添加物种名称和箭头,但我只是停留在如何更改站点点的颜色以反映它们的位置(我在原始数据中定义了 ...

r rda 纯素 ggplot geom_text。 我想指定 label position 把它准确地放在箭头指向的地方 - r rda vegan ggplot geom_text. I wanna specify the label position to put it exactly where the arrows point

这就是我想将文本 label 放到箭头指向的 position 中: 这些是我的结果: 我想将文本 label 放到箭头指向的 position 中,我使用了 library(ggrepel)。 我的代码是 我明白当RDA1为正时我需要的是RDA1+0.1,但是当RDA1为负时我需要的是RDA1 ...

在约束排序分析(RDA、CCA、CAP)中只分析了前十个环境变量 - Only first ten environmental variables are analysed in constrained ordination analyses (RDA, CCA, CAP)

我正在使用具有环境变量(土壤特性)的表通过约束排序(RDA、CCA 和 CAP)分析微生物群落。 第一个块是 29 个样本和 43 个环境变量。 我使用了该代码: 它工作得很好,除了我总是有 28 个受约束的轴和 0 个不受约束的轴,所以由于没有残差,方差分析是不可能的。 然后我使用相同的代码来分析 ...

使用与数据帧对应的文件名的 for 循环保存数据帧 - Saving data frames using a for loop with file names corresponding to data frames

我有一些数据框(颜色、集合、库存),我想将它们中的每一个保存到我设置为 wd 的文件夹中。 我想使用 for 循环来执行此操作,但我不确定如何编写文件参数,以便 R 理解它应该使用向量的元素作为文件名。 我可能会写: 目标是文件将保存为 colors.Rda、sets.Rda 等。但是,通过循环运行 ...

如何使用函数 ggord 显示分类变量的质心而不是箭头? - How to display centroids for categorical variables instead of arrows using function ggord?

我真的不知道如何使用函数 ggord 只显示我的分类变量的质心。 如果有人可以帮助我,那就太好了。 这是我尝试使用沙丘数据集实现的示例: 在第一个图中,仅显示湿度和管理的质心(而不是箭头)。 在 ggord 图中,每个变量都用箭头显示。 为什么这些情节看起来如此不同? 轴的刻度完全不同? ...

如何获得所有变量的 p 值,然后使用 function ordiR2step? - How do I get p-values for all variables then using function ordiR2step?

在 R 中:我正在做部分 RDA,使用前向选择程序来识别对鞘翅目群落最重要的解释变量。 但是,当使用 function ordiR2step 时,如何不仅获得调整后的 R2 值,还获得所有测试变量的 p 值? 为什么 function ordiR2step 比 ordistep 快这么多? ...

2021-02-12 14:33:36   1   39    vegan / rda  
达到定义分析 - 我的解决方案是否正确 - Reaching Definitions analysis - is my solution correct

我被要求为以下代码编写到达定义,我想知道我的解决方案是否正确? 我什至走在正确的轨道上吗? 我真的很感激任何帮助或提示。 谢谢你。 代码: 步骤#1:查找块和标记 步骤 #2:为每个块找到 GEN 和 KILL 集堵塞 GEN 杀 1 a1 a3 2 ∅ ∅ 3 b3、c3、a3 a ...

具有小数据集的 RDA 未执行完整分析 - RDA with small data set is not performing full analysis

我正在尝试使用简单的数据集执行 RDA 分析,但即使数据已标准化,我仍然会遇到相同的错误。 谁能帮我理解这个 model 有什么问题? 当我尝试运行 plot 行时出现的错误: 我认为没有执行分析,因为 rda.lake 的摘要仅返回 RDA1 结果。 数据被识别为数字。 anova.cca fu ...

Excel 中不存在写入单元格范围 - Write Cell Range does not exist in Excel

我想使用 UiPath 和 Write Cell 活动在我的 excel 文件中添加一个公式(小计)。 我有一列从 C1 到 C7,数据从 C2 开始。 我想将公式放到 C8 中,但 Write Cell 活动不接受我在公式中声明的范围。 您可以在屏幕截图中看到它。 你有解决方案吗? 最好的问 ...

我是否正确使用带有有序变量的 dbRDA? output 中的 *.L 和 *.Q 箭头是什么? - Am I using dbRDA correctly with ordered variables? What are the *.L and *.Q arrows in the output?

当我将 dbRDA 应用于距离矩阵(在本例中为 Bray-Curtis 距离)时,如下所示: 是否可以在site_vars变量中包含一列有序因子,这是一个 dataframe,其值是在采样点测量的,例如平均温度,但它还包括一列“土壤”,其中排序了不同的土壤类型? 或者是否有必要在公式的单独Cond ...

2020-07-11 11:11:21   1   68    r / vegan / rda  
将 Pandas df 转换为 rda 文件 - Convert Pandas df to rda file

我正在用 Python 清理我的数据,但我们用于可视化的程序是为 R 设置的。我试图将我的数据帧保存为 rda 文件。 我可以在这里找到资源以开始使用,但是我的 df 有 92 列,当它转换为 rda 时,它有 1942 列,类似于以下内容。 编辑:我已经尝试了这两种转换并得到了相同的结果。 ...

散点图上不显示颜色 - Colours not displaying on scatterplot points

我正在尝试进行 RDA 分析,为此我必须用我的 SNP(散点图上的点)创建一个图。 我为我的点分配了颜色,但是一旦我绘制了它们,它们就没有被填充,而是以灰色勾勒出的白色圆圈。 附件是我的代码,附件是我得到的图像,以及我想要的图像。 还附上了一个较小数据集的图像,以便更容易地看到我在做什么! 先感谢您 ...

2020-02-13 16:20:27   1   71    r / genome / rda  
如何使两个单独的 data.frames 中的行名相同? - How to make rownames in two separate data.frames the same?

请看附图! 我正在尝试进行 RDA 分析,但在继续之前,我需要确保我的 SNP 数据集和我的环境数据集具有相同的行名。 我尝试在 excel 中编辑单个数据集以满足此要求,并且在使它们相同之后(行名之间不再有区别),当我输入:相同(行名(gen),env)它仍然说明行名匹配显然不是“FALSE”。 ...

2020-02-07 11:50:40   1   43    r / genome / rda  
素食 RDA 和双标图,删除贡献 > 10% 方差的值 - Vegan RDA and biplot, remove values contributing >10% of variance

我正在使用 vegan 包来执行 RDA,并希望使用 biplot 绘制数据。 在我的数据中,我有数百个值。 我想做的是将解释的方差限制在一个设定的范围内,因此在下面的示例中为 0.1。 所以我可能只说 8 个箭头而不是 44 个箭头 任何帮助,将不胜感激 :) ...


 
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