我在 R 的素食库中使用 capscale() 运行了基于距离的 RDA,我正在尝试将我的结果作为自定义三联图 plot。 我只希望将数字或连续解释变量绘制为箭头/向量。 目前,因素和数字解释变量都用箭头绘制,我想删除因素(地点和年份)的箭头和 plot 这些质心。 对于 plot,我提取了前 2 ...
我在 R 的素食库中使用 capscale() 运行了基于距离的 RDA,我正在尝试将我的结果作为自定义三联图 plot。 我只希望将数字或连续解释变量绘制为箭头/向量。 目前,因素和数字解释变量都用箭头绘制,我想删除因素(地点和年份)的箭头和 plot 这些质心。 对于 plot,我提取了前 2 ...
问题:我正在为 R, library(vegan)中基于距离的 RDA 的结果构建一个三联图。 我可以构建三联图,但无法弄清楚如何根据网站的位置使网站的颜色不同。 下面的代码。 当前图 我能够为环境预测因子添加物种名称和箭头,但我只是停留在如何更改站点点的颜色以反映它们的位置(我在原始数据中定义了 ...
这就是我想将文本 label 放到箭头指向的 position 中: 这些是我的结果: 我想将文本 label 放到箭头指向的 position 中,我使用了 library(ggrepel)。 我的代码是 我明白当RDA1为正时我需要的是RDA1+0.1,但是当RDA1为负时我需要的是RDA1 ...
我正在使用具有环境变量(土壤特性)的表通过约束排序(RDA、CCA 和 CAP)分析微生物群落。 第一个块是 29 个样本和 43 个环境变量。 我使用了该代码: 它工作得很好,除了我总是有 28 个受约束的轴和 0 个不受约束的轴,所以由于没有残差,方差分析是不可能的。 然后我使用相同的代码来分析 ...
buoy_means文件列由 Buoy ID 标记而不是坐# ...
我有一个包含几个 rda 文件的文件夹,并且想要加载所有这些文件。 我尝试过: 我什么也得不到。 我也尝试过使用 map 和 lapply,我得到了一个包含每个 rda 文件中对象名称的列表。 我做错了什么? ...
我有一些数据框(颜色、集合、库存),我想将它们中的每一个保存到我设置为 wd 的文件夹中。 我想使用 for 循环来执行此操作,但我不确定如何编写文件参数,以便 R 理解它应该使用向量的元素作为文件名。 我可能会写: 目标是文件将保存为 colors.Rda、sets.Rda 等。但是,通过循环运行 ...
我真的不知道如何使用函数 ggord 只显示我的分类变量的质心。 如果有人可以帮助我,那就太好了。 这是我尝试使用沙丘数据集实现的示例: 在第一个图中,仅显示湿度和管理的质心(而不是箭头)。 在 ggord 图中,每个变量都用箭头显示。 为什么这些情节看起来如此不同? 轴的刻度完全不同? ...
对于a.rda文件,加载后,除了使用Rtudio window查看,有没有什么函数可以列出这个rda文件中存储的所有数据信息? ...
在 R 中:我正在做部分 RDA,使用前向选择程序来识别对鞘翅目群落最重要的解释变量。 但是,当使用 function ordiR2step 时,如何不仅获得调整后的 R2 值,还获得所有测试变量的 p 值? 为什么 function ordiR2step 比 ordistep 快这么多? ...
我被要求为以下代码编写到达定义,我想知道我的解决方案是否正确? 我什至走在正确的轨道上吗? 我真的很感激任何帮助或提示。 谢谢你。 代码: 步骤#1:查找块和标记 步骤 #2:为每个块找到 GEN 和 KILL 集堵塞 GEN 杀 1 a1 a3 2 ∅ ∅ 3 b3、c3、a3 a ...
我正在尝试使用简单的数据集执行 RDA 分析,但即使数据已标准化,我仍然会遇到相同的错误。 谁能帮我理解这个 model 有什么问题? 当我尝试运行 plot 行时出现的错误: 我认为没有执行分析,因为 rda.lake 的摘要仅返回 RDA1 结果。 数据被识别为数字。 anova.cca fu ...
我想使用 UiPath 和 Write Cell 活动在我的 excel 文件中添加一个公式(小计)。 我有一列从 C1 到 C7,数据从 C2 开始。 我想将公式放到 C8 中,但 Write Cell 活动不接受我在公式中声明的范围。 您可以在屏幕截图中看到它。 你有解决方案吗? 最好的问 ...
我有一个小问题。 我有一个 excel 文件,我只想在其中向所有列添加过滤器。 首先,我不想将某个条件放入过滤器中,而只想使用带有小箭头的工具栏进行过滤的选项。 有人可以帮我吗? ...
在 R 版本 4.0.0 中是否有替代 ggvegan 的方法来创建 pca 图。 我已将 rda 函数与以下脚本一起使用: 但是,似乎 ggvegan 不适用于最新版本的 R。有替代方案吗? ...
当我将 dbRDA 应用于距离矩阵(在本例中为 Bray-Curtis 距离)时,如下所示: 是否可以在site_vars变量中包含一列有序因子,这是一个 dataframe,其值是在采样点测量的,例如平均温度,但它还包括一列“土壤”,其中排序了不同的土壤类型? 或者是否有必要在公式的单独Cond ...
我正在用 Python 清理我的数据,但我们用于可视化的程序是为 R 设置的。我试图将我的数据帧保存为 rda 文件。 我可以在这里找到资源以开始使用,但是我的 df 有 92 列,当它转换为 rda 时,它有 1942 列,类似于以下内容。 编辑:我已经尝试了这两种转换并得到了相同的结果。 ...
我正在尝试进行 RDA 分析,为此我必须用我的 SNP(散点图上的点)创建一个图。 我为我的点分配了颜色,但是一旦我绘制了它们,它们就没有被填充,而是以灰色勾勒出的白色圆圈。 附件是我的代码,附件是我得到的图像,以及我想要的图像。 还附上了一个较小数据集的图像,以便更容易地看到我在做什么! 先感谢您 ...
请看附图! 我正在尝试进行 RDA 分析,但在继续之前,我需要确保我的 SNP 数据集和我的环境数据集具有相同的行名。 我尝试在 excel 中编辑单个数据集以满足此要求,并且在使它们相同之后(行名之间不再有区别),当我输入:相同(行名(gen),env)它仍然说明行名匹配显然不是“FALSE”。 ...
我正在使用 vegan 包来执行 RDA,并希望使用 biplot 绘制数据。 在我的数据中,我有数百个值。 我想做的是将解释的方差限制在一个设定的范围内,因此在下面的示例中为 0.1。 所以我可能只说 8 个箭头而不是 44 个箭头 任何帮助,将不胜感激 :) ...