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如何使用 SimpleITK 在仿射配准中用黑色（0 值）填充边缘 - How to pad edge with black color (0 value) in affine registration using SimpleITK

我用 SimpleITK 做了仿射配准，发现运动图像经过变换后比原来的尺寸小了，而边缘用灰色填充了。如何用黑色（0 值）填充边缘？我得到的output： Moved Image我想要的output： Expected Moved Image 我得到的 output： Moved Image我想要 ...

允许SimpleITK package SimpleElastix版本和官方版本存在但导入名称不同 - Allow SimpleElastix version and official version of SimpleITK package exists but import with different names

我目前正在开发一个医学图像跟踪系统，需要使用 SimpleITK 的 SimpleElastix 版本（Modified SimpleITK 2.0.0）中提供的注册 function，但是，我还需要使用一些仅在 SimpleITK 2.2.0 中的功能。 SimpleElastix： https ...

如何在 Python 中翻转 MRI 图像 - How to Flip MRI image in Python

我正在尝试翻转图 1 中显示的图像以匹配图 2 中图像的方向，但我不确定如何操作。这是图像的方向：例如，我如何在 Python 中使用 SimpleITK 或 nibabel 做到这一点？ ...

将一组 CT 扫描重新采样到相同的像素间距和体积大小的最快和最简单的方法是什么？ - What is the fastest and easiest way to resample a set of CT scans to same pixel spacing and volume size?

我必须从 kiTS 19 Challenge 提供的数据集开始训练一个 neural.net 来对肾脏和他的肿瘤进行语义分割。在这个数据集中，我有 100 个 CT 扫描作为训练集，在大小和像素间距方面有很大差异。通过研究 inte.net 上的几种方法，我发现确定一组唯一的像素间距是一种很好 ...

在 python 中合并 NIfTI (.nii) 图像的通道 - Merge channels of NIfTI (.nii) images in python

我正在尝试以另一种颜色（可能是红色）叠加 CT .nii 图像及其蒙版。这很容易实现，例如使用imageJ ，这要归功于“合并通道”功能。我想获得的是这样的：给定我的原始图像：及其面具：所以基本上我需要将我的蒙版“转换为红色”并将其叠加在我的灰度图像上。我研究了 Simpl ...

使用 Python 修改 mhd 格式的 3D 图像 - Modifying an 3D image in mhd format using Python

我有一个 *.mhd 格式的 MR 图像卷，我无法访问原始 DICOM 文件。图像不是正方形的，我需要裁剪图像并再次保存一个新的 *.mhd 文件。我有一个 *.json 文件，其中包含原始 DICOM 标头的所有信息。有人能帮我一下吗？ ...

多个对象之间的 3D 图像配准 - 3D Image co-registration between multiple subjects

在进行多个主体的图像配准时，我们应该如何选择参考图像？来自一个数据集的随机选择的图像可以作为来自另一个数据集的图像的参考图像吗？如果我们这样做，是否应该将属于参考图像数据集的所有图像也与参考图像共同注册？我在这方面找不到任何材料。有人可以请教吗？ ...

从numpy数组到python中的一个mhd文件 - From numpy array to a mhd file in python

我正在尝试使用 SimpleITK 将 numpy 数组转换为 mhd 文件。您知道这是否可行吗？如果可行，该怎么做？ ...

了解来自 sitk.GetSpacing() 的输出 - Understanding output from sitk.GetSpacing()

谁能解释我从sitk.GetSpacing（）生成的输出的含义。如果我正确理解图像间距的概念，任何人都可以遵守，它只是意味着图像的坐标系吗？ ...

raster_geometry.sphere 仅在位置发生变化时给出不同的体积 - raster_geometry.sphere is giving different volumes when only the position changes

我有一组中点（来自一组扫描中的标记肿瘤 [512x512x512 体素]）。我只是想在每个中点创建一个半径为 10 个体素的球体。为此，我使用 raster_geometry.sphere 并将位置定义为 midpoint/512 （即 position = midpoint/ 512 , ra ...

重采样后旋转图像以获得正确的切片方向 - rotating an image after resampling to get the right slice direction

我在 python 中使用 simpleITK 在图集图像和 MRI 图像之间进行图像配准。我正在进行重采样，为图集提供与图像相同的元数据（原点、方向、间距等...）这是图集 3D 图片：图集这一步会将图集物理框架移动到图像框架，但不会移动实际的图集图像和体素，所以我在图像和图集之间应用居中变换 ...

获取 MR 图像特定区域的强度 - Getting the intensities of a certain region of an MR image

我有一个 3D MR 图像作为 NIfTI 文件 ( .nii.gz )。我还有一个作为 NIfTI 文件的“掩码”图像，它只是一堆 0 和 1。此蒙版图像中的 1 代表我感兴趣的 3D MR 图像的区域。我想检索掩模中存在的 3D MRI 图像中像素的强度（即掩模图像文件中的 1s）。我发 ...

SimpleITK.Show() 在 Macbook 上的 ImageJ 中生成错误 - SimpleITK.Show() generates error in ImageJ on Macbook

我在 Jupyter 上与 imagej 作斗争。这是我正在运行的代码的一部分： output 是： ImageJ 已经在应用程序中并且运行良好，所以我不确定此错误的原因是什么。如果有人能帮我解决这个问题，我将不胜感激。先感谢您！ ...

使用 python/simpleITK 剥离头骨 - Skull stripping with python/simpleITK

我正在尝试在 python 中使用 simpleITK 执行头骨剥离。我正在使用 StripTsImageFilter 函数如下：我收到错误 'AttributeError: module 'SimpleITK' has no attribute 'StripTsImageFilter'' ...

基于比率的 SimpleITK 阈值 - SimpleITK thresholding based on ratio

我正在尝试对大脑图像进行一些基本的阈值处理。我试图找到肿瘤与大脑的比例，然后根据以下比例进行一些基本过滤：每个像素的强度/对侧脑组织强度有没有办法手动获取这个背景大脑像素的强度，然后计算每个像素的比率，然后能够看到哪些像素“在”和“在”这个阈值之外？提前致谢 ...

使用sitk获取偏置场 - Get bias field using sitk

我正在尝试使用 sitk 库来清除有偏见的 Mr 图像（MRI）。我能够获得校正后的图像，但无法获得偏差图像。设置以下参数：这是我试过的代码但我得到了这张图片：你知道如何获得偏见吗？ ...

将 DICOM 系列渲染为单个卷 - Render DICOM series into single volume

我正在做一个 React 项目，我有许多 DICOM 文件，我想将它们融合成一个体积，我可以用轴（矢状、冠状、轴向）渲染和显示我没有在那里找到任何文档。我将不胜感激您的帮助！ ...

用 pydicom 和 sitk 加载 dicom 会产生不同的输出 - loading dicoms with pydicom and sitk results different outputs

我的问题有点连线。我正在研究包含 dicom 图像的前列腺 MRI数据集。当我使用 Simple ITK 加载 dicom 文件时，output numpy 数组的 dtype 将为 float64。但是当我使用 pydicom 加载相同的 dicom 文件时，output numpy 数组的 ...

如何将 SimpleITK 集成到 Unity for HoloLens 2 中的应用程序 - How to integrate SimpleITK in Unity for app in HoloLens 2

我正在 Unity 2020.3.3f1 中开发一个应用程序以部署在 HoloLens 2 中。这个应用程序必须处理医学图像，因此我需要使用 SimpleITK 库。我已经下载 SimpleITK 源文件并在 Visual Studio 2017 中为 ARM64 架构编译它们，以匹配 HoloL ...

SimpleITK getDirection() 解释 - SimpleITK getDirection() explained

有人可以解释SimpleITK.GetDirection()的 output 以及与 DICOM 标准图像方向（患者）header 和 NIFTI 的关系吗？最终，我想获得正确的图像方向（患者）给定一个切口，例如轴向、矢状、冠状。我知道这个例子， https://simpleitk.readth ...