赏金将在 4 天后到期。 此问题的答案有资格获得+50声望赏金。 Cenoc正在从信誉良好的来源寻找答案。 当我绘制单个图像时，它们看起来是倾斜的，但当我在 3DSlicer 或其他查看器中查看图像时，它们不会出现这种情况。 我不确定是否应该调整一些我不知道的东西。 以下是我从DICOM转换的方 ...
我有两个 3D nifti 图像、一个大小为 29x512x512 的 Flair 图像和一个大小为 73x112x112 的 dwi 图像，我想将 fair 图像共同注册到 dwi 图像。 你知道一种可能的方法吗？ 我正在使用 Python 但任何解释清楚的方法都可以 ...
我是编程新手，我在 PyVista 中使用 MRI 数据集 (.nii) 我正在尝试读取 Nifti 文件并提取一个数组，以便我可以根据数组中的差异比较两个 MRI，并使用 PyVista 将其可视化。 PyVista 主要基于 VTK 库，所以在 VTK 中可能有一个 function 但我在浏 ...
我正在尝试在 OpenScience_Scripts 存储库中运行 doDecon.sh AFNI 脚本的变体，该脚本将为我正在分别分析的三个任务中的每一个处理功能性神经影像数据，但我一直遇到“3Ddeconvolve”命令错误gltsym and -fout not found, fatal e ...
我正在尝试以另一种颜色（可能是红色）叠加 CT .nii 图像及其蒙版。 这很容易实现，例如使用imageJ ，这要归功于“合并通道”功能。 我想获得的是这样的： 给定我的原始图像： 及其面具： 所以基本上我需要将我的蒙版“转换为红色”并将其叠加在我的灰度图像上。 我研究了 Simpl ...
我正在使用包含 Nifti 文件的 COBRE 大脑 MRI 数据集。 我可以将它们可视化，但无法理解如何以正确的格式在深度学习中使用它们。 我阅读了 Nilearn 文档，但他们仅对 1 个主题使用了一个 .nii 文件示例。 问题是如何将 100 个 .nii 文件提供给 CNN？ 第二件事是 ...
我有一个文件夹，其中包含格式为 .nii.gz 的文件。 如何在 Python 中上传这些图像？ 我应该创建一个 for 循环吗？ 请提供任何帮助 ...
我是 DICOM 文件的初学者，如何在这些文件中查找像素尺寸或暗淡？ 当我们在 nifti 文件中找到这些元素时！ ...
将 CT 扫描 nifti 文件转换为 Hounsfield 单位的正确方法是什么？ 我的代码如下： path = 'input/volume/volume-0.nii' img_obj = nib.load(path) img_data = img_obj.get_fdata() slope = ...
我正在处理 nifti 图像（CT 扫描），当我标准化 Hounsfield 单位转换后的图像时，output 只是一个全黑图像。 我转换为 HU 比例的代码如下：def transform_to_hu(img_data, img_obj): slope = img_obj.d ...
我有一个包含以下元数据的.nii文件 我怎么知道如何读取图像数据？ 我知道它是一个浮点数组，但是对于该数组中的每个索引，如何将其转换为ijk体素坐标？ 我真的在寻找将 .nii 文件中的每个浮点索引转换为适当的ijk体素坐标的正确函数。 我一直在看这个： https://brainder.or ...
我已经阅读了所有将用于二进制分类的图像，并将它们存储在两个不同的 NumPy 数组中。 现在，我需要对这些图像进行一次热编码，然后将其提供给神经网络。 我不明白如何对两个不同的 numpy 数组进行热编码，然后将它们提供给神经网络。 array_1 包含将标记为 1 的所有图像，array_2 ...
我确实看到了一些与 Nibabel 相关的 tuts，当你只读取一个 nii 图像时它们工作正常，但我需要从同一个文件夹中读取 167 个文件，但我不知道该怎么做。 我尝试使用 glob，因为我们将它用于 OpenCV，但它与 Nibabel 的工作方式不同。 ...
我有一个 3D MR 图像作为 NIfTI 文件 ( .nii.gz )。 我还有一个作为 NIfTI 文件的“掩码”图像，它只是一堆 0 和 1。 此蒙版图像中的 1 代表我感兴趣的 3D MR 图像的区域。 我想检索掩模中存在的 3D MRI 图像中像素的强度（即掩模图像文件中的 1s）。 我发 ...
我必须为我正在进行的实习屏蔽 a.nii MRI 图像。 我使用的方法涉及将图像的质子密度加权版本（在反转脉冲期间捕获）乘以原始 mp2rage 图像。 为了做到这一点，我正在使用 Convert3D，但是我收到一个奇怪的错误，提示“图像不占用相同的物理空间”。 我真的在这里迷路了，并且对这个软件没 ...
使用代码scan = nibabel.load(filepath)加载 NIFTI (.nii) 图像（使用 Nibabel）后，通过scan.header显示图像 header 信息很有用。 如果在调用 scan.header 之前调用scan.header scan.get_fdata() ， ...
我目前正在使用以下代码将 DCM 切片转换为 NIfti 图像： 此代码将生成一个 3D NIfti 卷。 如何从这个 3D NIfti 卷中获取所有切片？ ...
我想知道如何用概率值（0-1）替换图像体素的强度值（ nifti ），以在 colors 中生成 plot。 我有两个文件， nifti中的原始图像和nifti中的概率（行 = 体素，列 = 概率）。 ...
我正在对 python 进行单体素模拟，以生成带有噪声的模拟信号。 然后，我想将具有以下形状 (100, 100) 的 numpy 数组转换为 nifti 文件。 行代表不同噪声和张量旋转条件下的一个模拟信号。 当使用特定的采样方案（100 个不同的方向）测量时，每列代表在这些条件下该体素的对应信号 ...
最近，我正在努力尝试使用 STL object 的特定空间坐标来获取 3D 卷（np 数组）的像素值。 The STL object is spatially overlapped with the 3D volume but the latter has no coordinate and so ...