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医学影像与 python - Medical Imaging with python

我有一张 DICOM 格式的图像,该图像由一组 RAW 文件组成(特定情况下为 122,这将是图像将具有的切片数,Z 深度)。 图像的大小为 512x512x122 体素。 我制作的程序使用 pydicom 迭代读取这些文件。 读取它们后,我将像素数据存储在 numpy 数组中,这样我就可以使用 ...

将大量数据分类到单独的集合中 - Sorting a large amount of data into separate sets

我在每个实验中提取多达 2500 个帧文件(并不总是相同的数量),我目前的过程是手动将帧总数除以三以分成三个子文件夹,因为文件太大而无法全部转换成.mat文件。 我只是想让它自动化。 将文件分成三个子集(“子集 1、子集 2、子集 3”)后,我通过代码运行每个文件夹以进行转换和重命名。 如何自动将我 ...

成像到更大的 SSD - Imaging to Bigger SSD

我计划使用 Acronis 或 Clonezilla 将笔记本电脑从 256GB 2.5" SSD 映像到 NVMe 512GB。 笔记本电脑只分配给一个人,但他们有很多专有软件和配置,而且他们遇到了低磁盘香料和一些他们的一些专业应用程序崩溃的问题。 我的问题:由于它是加入域的计算机,将旧驱动器映 ...

如何提取图像区域并将其重新插入原始图像? - How to extract an image area and plug it back in the original image?

我正在处理尺寸为(128x128x128)的 3D 图像(300)。 我想提取图像区域(去除背景),进行一些转换,然后将转换后的部分插回原始图像上。 我怎样才能在python中做到这一点? 这是我尝试过的: 我创建了一个形状为(128, 128, 128)的蒙版。 然后我在那个掩码n_voxel ...

python中有没有办法堆叠相同大小的像素数组(例如z-stack)? - Is there a way in python to stack arrays of pixels of same size (such as a z-stack)?

我只是想澄清一下,例如我可以以某种方式将一些二维数组堆叠到图像中吗? 然后在 3D 空间中查看它们,例如 链接中的立方体示例 除了尝试使用 geeks for geeks 代码制作其他东西之外,我并没有真正尝试过太多。 因此,任何方向都会受到赞赏。 ...

尝试在 Convert3d/ITK 中乘以 two.nii 文件时出现“图像不占用相同的物理空间”错误 - Getting "Images Do Not Occupy Same Physical Space" Error When Trying to Multiply two .nii Files in Convert3d/ITK

我必须为我正在进行的实习屏蔽 a.nii MRI 图像。 我使用的方法涉及将图像的质子密度加权版本(在反转脉冲期间捕获)乘以原始 mp2rage 图像。 为了做到这一点,我正在使用 Convert3D,但是我收到一个奇怪的错误,提示“图像不占用相同的物理空间”。 我真的在这里迷路了,并且对这个软件没 ...

如何将两张图片合并为一张图片 - How to fit two images into one image

我正在做一个自己融合两个 DICOM 图像的项目。 图像 1 (168x168) 当图像 2 (512x512) 的图像组合在一起时,这两个图像完全不匹配。 我不认为合并脚本有问题,但是如果您认为合并代码有问题,您可以要求它。 图片 2 (512x512) 图片 1 (168x168) 升迁完成 ...

如何使用 golang 实现自定义裁剪 - How to implement Custom cropping using golang

我希望对一组图像进行自定义裁剪,而不是正常裁剪,使用高度和宽度我想要获得 output 图像的灵活性,例如像多边形或六边形一样裁剪,我正在使用库github.com/fogleman/gg和内置模块“image”和github.com/disintegration/imaging ,但我没有找到自定 ...

TIFF 文件中的隐藏元数据 - Hidden metadata in TIFF files

我正在使用专有软件将显微镜图像记录和导出为 TIFF 文件。 当我在成像软件中加载 TIFF 文件时,我可以访问录制时的所有成像设置。 但是,我的工作计算机上没有该软件,因此我尝试以另一种方式访问​​元数据。 我尝试使用一些显示 TIFF 标签的在线 TIFF 查看器,并且我尝试过使用Bio-Fo ...

在 python 字节数组中创建灰度图像 - Creating a grayscale image in a python byte array

我需要将灰度图像作为二进制数组传递给 python 中的 DLL。 我正在使用 PIL 加载原始图像,将其转换为灰度,然后将像素复制到 c_char 数组。 我的代码如下所示: 然后将“pixels”作为 c_char_p 参数传递给需要它的 DLL。 这有效,但即使是中等大小的图像也很慢。 ...

如何使用 GDCM 逐片写入体素数据? - How to use GDCM to write voxel data, slice by slice?

在我为 GDCM 看到的所有关于如何写入图像数据的示例中,他们总是将图像卷视为一个整体的、有凝聚力的缓冲区。 基本结构沿线 我使用这种方法面临的问题是,如果正在制作额外的副本,我需要存储的图像数据量很容易超过可用系统 memory; 具体来说,这些是 4096×4096×2048 个 12 位体素 ...

WICConvertBitmapSource BGR 到 Gray 的意外像素格式转换 - WICConvertBitmapSource BGR to Gray unexpected pixel format conversion

我正在使用WICConvertBitmapSource function 将像素格式从 BGR 转换为灰色,我得到了意想不到的像素值。 具有以下 BGR 像素值的 4x3 图像示例: 我得到的灰色像素值: 我期望得到的灰色像素值( ITU-R BT.601 转换) 后台发生了什么样的转换,有没有办法 ...

如何保持 SimpleITK 图像中的方向到 numpy 数组转换? - How to maintain Direction in SimpleITK image to numpy array conversion?

我有相同 object 的三个不同的各向同性 MRI DICOM 卷,每个都有不同的方向(同一对象的正交矢状、冠状和横向采集)。 我想将它们转换为 numpy arrays 和 plot 它们,以使其索引匹配。 假设我有三个从sitk图像发出的numpy arrays: 我希望能够对 plot 它 ...


 
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