[英]scipy 0.11.0 to 0.12.0 changes a linear scipy.interpolate.interp1d, breaks my constantly updated interpolator
我一直在玩一个使用线性scipy.interpolate.interp1d的软件包,为scipy中的ode求解器创建一个历史函数,如下所述。
相关的代码就像是
def update(self, ti, Y):
""" Add one new (ti, yi) to the interpolator """
self.itpr.x = np.hstack([self.itpr.x, [ti]])
yi = np.array([Y]).T
self.itpr.y = np.hstack([self.itpr.y, yi])
#self.itpr._y = np.hstack([self.itpr.y, yi])
self.itpr.fill_value = Y
其中“self.itpr”在__init__中初始化:
def __init__(self, g, tc=0):
""" g(t) = expression of Y(t) for t<tc """
self.g = g
self.tc = tc
# We must fill the interpolator with 2 points minimum
self.itpr = scipy.interpolate.interp1d(
np.array([tc-1, tc]), # X
np.array([self.g(tc), self.g(tc)]).T, # Y
kind='linear', bounds_error=False,
fill_value = self.g(tc))
其中g
是一些函数,它返回一组值,这些值是一组微分方程的解, tc
是当前时间。
这对我来说很好,因为每次我想要更新值的范围时都不需要重新创建新的插值器对象(在模拟期间的每个显式时间步骤中都会发生)。 这种更新插值器的方法在scipy v 0.11.0下运行良好。 但是,在更新到v 0.12.0后,我遇到了问题。 我看到新插值器现在包含一个数组_y
,它似乎只是原始的另一个副本。 如上所述,仅更新_y
是否安全和/或明智? 有没有更简单,更pythonic的方式来解决这个问题,希望对scipy的未来更新更加健壮? 同样,在v 0.11中,一切都运行良好并且产生了期望的结果,并且在v 0.12中, 当_y
被引用时,我得到一个IndexError
,因为它在我的函数中没有更新,而y本身就是。
任何帮助/指针将不胜感激!
看起来_y
只是由interp1d._reshape_yi()
重新整形的y
的副本。 因此,使用以下方法更新它应该是安全的:
self.itpr._y = self.itpr._reshape_yi(self.itpr.y)
事实上,据我所知,只有_y
被内插器内部使用,所以我认为你可以在没有实际更新y
情况下逃脱。
一个更优雅的解决方案是使_y
成为插值器的一个属性,它返回一个适当重新整形的y
副本。 这是可能的猴子修补您的具体实例来实现这一目标interp1d
它已被创建之后(见亚历克斯·马尔泰利的答案在这里的说明):
x = np.arange(100)
y = np.random.randn(100)
itpr = interp1d(x,y)
# method to get self._y from self.y
def get_y(self):
return self._reshape_yi(self.y)
meth = property(get_y,doc='reshaped version of self.y')
# make this a method of this interp1d instance only
basecls = type(itpr)
cls = type(basecls.__name__, (basecls,), {})
setattr(cls, '_y', meth)
itpr.__class__ = cls
# itpr._y is just a reshaped version of itpr.y
print itpr.y.shape,itpr._y.shape
>>> (100,) (100, 1)
现在itpr._y
当你更新得到更新itpr.y
itpr.x = np.arange(110)
itpr.y = np.random.randn(110)
print itpr._y.shape
>>> (110,) (110, 1)
这一切都非常繁琐而且不是非常Pythonic - 修复scipy源代码(scipy / interpolate / interpolate.py)要容易得多。 您需要做的就是从interp1d.__init__()
中删除最后一行:
self._y = y
并添加以下行:
@property
def _y(self):
return self._reshape_yi(self.y)
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