用树状图和样本标签绘制热图

Question

使用made4的heatmap功能，我从示例文件中制作了此热图树状图：

data(khan)
heatplot(khan$train[1:30,], lowcol="blue", highcol="red")

如何在热图的边缘上为样本添加标签面板，如图所示？

在这种情况下，标签是与热图第一行和顶部行相邻的正方形，用于表示每个样品的标签，以便人们可以查看标签是否与热图/树状图所示的聚类相对应。 在这个特殊的图中，他们选择使这些标签与树状图簇的颜色完全对应，但是不必一定要这样，我正在寻找一种方法，只需向样品中添加通用的列和标签行即可可能不对应于应用特定树状图阈值所导致的聚类。

heatmap功能和khan数据来自made4 ：

require(made4)

参见http://www.bioinf.ucd.ie/people/aedin/R/pages/made4/html/heatplot.html

我很高兴地使用替代heatplot可以得出同样的事情，沿着一侧的两个基于树状层次聚类的热图。 heatplot只是一个例子。

当我尝试heatmap.2诸如@HeatherTurner heatmap.2类的heatmap.2时，我得到了此图像（不确定如何关闭矩阵上的行/列标签以减少聚类）：

热图看起来已损坏。 以下是通过少量数据集重现此代码的代码：

require(gplots)
data(khan)
heatmap.2(as.matrix(khan$train[1:30,])

生成此：

是什么导致这些损坏的外观热图？

更新 ：抱歉，我认为热图没有损坏，只是trace列位于其上，这导致通过热图绘制青色线。 设置trace=none可解决此问题。

PS看起来像heatmap有RowSideCols ，这可能是相同的论点？

Answer 1

尝试heatmap.2从功能gplots包，里面有争论RowSideColors和ColSideColors创建侧栏。

如果这不能满足您的需求，那么heatmap.plus包允许进行进一步的自定义，例如，多个彩色边栏。

Answer 2

R中有一个名为“ fheatmap”的新程序包。

cpan fheatmap

我是博客新手，所以无法发布图片。但是请查看手册中的示例。