将因子映射到热图中的颜色

Question

你好我在使用heatmap.2在R中制作热图。 我想使用RowSideColors选项。 但是，我无法弄清楚如何轻松地为行创建颜色矢量。 行代表细菌，我有一个数据框，其中包含我想用于着色的细菌信息。 我将使用Bact_Phylo_Info$Phylum或k来创建颜色向量。

> str(Bact_Phylo_Info)
'data.frame':   33 obs. of  3 variables:
 $ Phylum: Factor w/ 7 levels "Actinobacteria",..: 4 3 3 2 2 2 2 2 5 5 ...
 $ Order : Factor w/ 10 levels "Bacteroidales",..: NA 4 4 1 1 1 1 1 NA 5 ...
 $ Family: Factor w/ 13 levels "Anaplasmataceae",..: NA 4 4 NA 11 2 11 12 NA NA ...

我尝试过一些东西，例如下面的疯狂循环，但我认为必须有一种我想念的简单方法。 任何帮助赞赏。

BactPhyColors <- sapply(Bact_Phylo_Info$Phylum,
    if (Bact_Phylo_Info$Phylum == levels(Bact_Phylo_Info$Phylum)[i]),
        rainbow(length(levels(Bact_Phylo_Info$Phylum)))[i]
}
)

Answer 1

如果我很清楚你想要做什么：你有一个变量编码作为一个因素，你试图将其转换为颜色？ 正在创建一些离散的比例颜色？

在这里，我使用scales包中的brewer_pal来创建一个brewer调色板。 然后将其与因子变量合并。

library(scales)
dat <- data.frame(Phylum = gl(7,2))
n <- nlevels(dat$Phylum)
dat.col <- data.frame(Phylum =unique(dat$Phylum),
            BactPhyColors =brewer_pal()(n))  ## you can also use rainbow(n)

merge(dat,dat.col)

merge(dat,dat.col)
   Phylum     BactPhyColors
1       1 #EFF3FF
2       1 #EFF3FF
3       2 #C6DBEF
4       2 #C6DBEF
5       3 #9ECAE1
6       3 #9ECAE1
7       4 #6BAED6
8       4 #6BAED6
9       5 #4292C6
10      5 #4292C6
11      6 #2171B5
12      6 #2171B5
13      7 #084594
14      7 #084594