heatmap.2颜色真的很不稳定

Question

有谁知道为什么我的heatmap.2结果有奇怪的颜色 - 绿松石不属于我的红色/黑色/绿色调色板？ 绿松石似乎是指基于样本聚类的信息（行“树状图”，我“假”出来），而不是基于特征聚类。 怎么了？

我正在使用gplots，RBrewerColor和heatmap.2（）方法。

码：

temp <- t(iris[,1:4])
sampleLabels.c <- as.character(iris[,5])
sampleLabels.c[sampleLabels.c=="setosa"] <- "red"
sampleLabels.c[sampleLabels.c=="versicolor"] <- "orange"
sampleLabels.c[sampleLabels.c=="virginica"] <- "green"

# Sort on max difference
t.min <-apply(temp, 1, min)
t.max <- apply(temp, 1, max)
temp <- temp[order(t.max-t.min, decreasing=TRUE),]
# cluster on correlation
hc <- hclust(as.dist(1 - cor(temp)), method="average")
png("iris.png", 1000, 1000)
par(mar=c(1,1,1,1))
heatmap.2(as.matrix(temp),
      Rowv=FALSE,
      Colv=as.dendrogram(hc),
      dendrogram="column",
      col=greenred(10),
      labRow="", labCol="", key=TRUE,
      ColSideColors=sampleLabels.c)
legend("left",
   legend=c("Setosa", "Versicolor", "Virginica"),
   col=c("red", "orange", "green"),
   lty=1, lwd=2)
dev.off()

这是从代码生成的图像（上图）。

感谢您的任何见解！

Answer 1

在?heatmap.2搜索“青色”给出：

trace = c（“column”，“row”，“both”，“none”），tracecol =“cyan”......

trace ：字符串，指示是否应在“行”或“向下”列，“两者”或“无”之间绘制实线“跟踪”行。 线与每个色单元中心的距离与测量的大小成比例。 默认为“列”。

尝试设置trace="none" ......？