尝试使用Rcpp编译c ++ 11时出现g ++错误

Question

系统规格：

• 操作系统 - Mac OS X 10.6.8（雪豹）
• g ++ - Macports gcc 4.8.1_2 +通用
• R - 2.15.3
• Rcpp - 0.10.3

当我尝试编译在R中使用C ++ 11的函数（通过Rcpp）时，我继续收到错误 - 由于某种原因，g ++不识别-std=c++11选项。

此示例取自Rcpp帮助文件（它不包含任何特定于C ++ 11的内容，但可以显示我的问题）。 如果我尝试运行：

require( Rcpp )
Sys.setenv( "PKG_CXXFLAGS"="-std=c++11" )
cppFunction(plugins=c("cpp11"), '
int useCpp11() {
    int x = 10;
    return x;
}')

我明白了：

cc1plus: error: unrecognized command line option "-std=c++11"
make: *** [file61239328ae6.o] Error 1
g++ -arch x86_64 -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include/x86_64 -DNDEBUG  -I/usr/local/include  -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/Rcpp/include"   -std=c++11  -fPIC  -g -O2  -c file61239328ae6.cpp -o file61239328ae6.o 
Error in sourceCpp(code = code, env = env, rebuild = rebuild, showOutput = showOutput,  : 
  Error 1 occurred building shared library.

同时，我可以直接从bash编译这个函数 - 如果这个代码在useCpp11.cpp文件中，那么这个运行没有任何抱怨：

g++ useCpp11.cpp -std=c++11

当然，我做错了什么，但我无法弄清楚它是什么。 gcc 4.8被设置为bash中的默认编译器，Rcpp过去一直没有出错。 我怀疑我不是在告诉R使用哪个版本的g ++ - 可能就是这种情况吗？

Answer 1

Kevin Ushley是绝对正确的 - 确保使用正确的编译器的最简单方法是通过Makevars文件。 在我的情况下，我补充说：

CXX = g++-4.8.1
PKG_CXXFLAGS = -std=c++11

这是我一直缺少的 - 之后一切都奏效了。 如果您正在编译包，这将有效。

Answer 2

快速的：

• 你落后于Rcpp，发布版本为0.10.4

• 您正在使用的版本（0.10.3） 确实有一个C ++ 11插件

• 在Rcpp画廊有一整篇文章详细介绍了这一点。

因此，请允许我引用Rcpp Gallery上的C ++ 11文章 ：

R> library(Rcpp)
R> sourceCpp("/tmp/cpp11.cpp")
R> useAuto()
[1] 42
R> 

/tmp/cpp11.cpp中的代码如下：

#include <Rcpp.h>

// Enable C++11 via this plugin (Rcpp 0.10.3 or later)
// [[Rcpp::plugins("cpp11")]]

// [[Rcpp::export]]
int useAuto() {
    auto val = 42;      // val will be of type int
    return val;
}

如果这对您不起作用，那么您的系统设置不正确。 换句话说，这不是Rcpp标签的问题 - 而是'如何设置我的路径来调用我认为应该调用的g ++版本'。

Answer 3

如果您不想修复路径，可以在编译之前设置PKG_CXXFLAGS环境变量。

     export PKG_CXXFLAGS='`Rscript -e "Rcpp:::CxxFlags()"` -std=c++11'

例如：

在R

#generate the bare Rcpp package as usual
library(Rcpp)
Rcpp.package.skeleton("Foo",
                      example_code=FALSE,
                      attributes=TRUE,
                      cpp_files=c("./Foo_R_wrapper.cpp", "./Foo.h", "/Foo.cpp")
                     )    

在巴什

#tell the compiler to use C++11
export PKG_CXXFLAGS='`Rscript -e "Rcpp:::CxxFlags()"` -std=c++11'

#compile as usual
cd ./Foo/;
R -e 'Rcpp::compileAttributes(".",verbose=TRUE)';
cd ..;

R CMD build Foo;
#ensure that there are no bugs
R CMD check Foo;

其中Foo_R_wrapper.cpp包含一个C ++函数FooBar ，分别在Foo.h和Foo.cpp中定义和实现。

Foo_R_wrapper.cpp可能包含以下内容：

#include <Rcpp.h>                                   

#include "Foo.h"                                    

// [[Rcpp::export]]                                 
SEXP FooBar(SEXP baa)
{                                                   
    Rcpp::NumericVector baa_vec(baa)
    //Do something from Foo.h (to baa_vec?)
    ...
    //etc
    return baa_vec;
}