使用python提交作业

Question

我正在尝试使用python脚本在我们研究所的集群中提交作业。

 compile_cmd = 'ifort -openmp ran_numbers.f90 ' + fname \
                  + ' ompscmf.f90 -o scmf.o'
 subprocess.Popen(compile_cmd, shell=True)

 Popen('qsub launcher',shell=True)

问题是，系统此时已挂起。 上面的脚本中有明显的错误吗？ 代码中提到的所有文件都可以在该目录中找到（我已对此进行了交叉检查）。 qsub是用于将作业提交到我们的集群的命令。 fname是我在此过程中创建的文件的名称。

Answer 1

我有一个脚本，我曾经使用qsub将多个作业提交到我们的集群。 qsub通常采用以下形式提交作业

qsub [qsub options] job

在我的工作中，job通常是一个bash（.sh）或python脚本（.py），它们实际上调用要在每个节点上运行的程序或代码。 如果我想提交一个名为“ test_job.sh”的工作，并且需要最多的时间，我会这样做

qsub -l walltime=72:00:00 test_job.sh

这相当于以下python代码

from subprocess import call

qsub_call = "qsub -l walltime=72:00:00 %s"
call(qsub_call % "test_job.sh", shell=True)

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另外，如果您的bash脚本看起来像

#!/bin/bash

filename="your_filename_here"
ifort -openmp ran_numbers.f90 $filename ompscmf.f90 -o scmf.o

然后通过qsub job.sh提交了这个？

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编辑：老实说，最佳的作业排队方案因群集而异。 一种简化作业提交脚本的简单方法是找出每个节点上有多少个CPU。 一些较新的排队系统使您可以提交许多单CPU作业，它们将在尽可能少的节点上一起提交这些作业。 但是，某些较旧的集群无法做到这一点，因此提交许多单独的工作变得令人厌烦。

假设集群中的每个节点都有8个CPU。 你可以这样写你的脚本

#!/bin/bash
#PBS -l nodes=1;ppn=8

for ((i=0; i<8; i++))
do
    ./myjob.sh filename_${i} &
done
wait

要做的是一次在一个节点上提交8个作业（ &表示在后台执行），然后等待所有8个作业完成。 对于每个节点具有许多CPU的群集，这可能是最佳选择（例如，我使用的一个群集每个节点具有48个CPU）。

另外，如果提交许多单核作业是最佳选择，并且上面的提交代码不起作用，则可以使用python生成bash脚本以传递给qsub。

#!/usr/bin/env python
import os
from subprocess import call

bash_lines = ['#!/bin/bash\n', '#PBS -l nodes=1;ppn=1\n']
bash_name = 'myjob_%i.sh'
job_call = 'ifort -openmp ran_numbers.f90 %s ompscmf.f90 -o scmf.o &\n'
qsub_call = 'qsub myjob_%i.sh'

filenames = [os.path.join(root, f) for root, _, files in os.walk(directory)
                                   for f in files if f.endswith('.txt')]
for i, filename in enumerate(filenames):
    with open(bash_name%i, 'w') as bash_file:
        bash_file.writelines(bash_lines + [job_call%filename, 'wait\n'])
    call(qsub_call%i, shell=True)

Answer 2

您收到任何错误了吗？ 因为似乎您错过了第二个Popen的“ 子进程”。